ביוני 2004 מונה לראש מנהל התעופה האזרחית[2]. הוא ארגן אותה מחדש כרשות רגולטורית עצמאית בשם רשות התעופה האזרחית. בתקופת כהונתו קידם את תקנות התעופה הספורטיבית בישראל ומיסד את תחום כלי הטיס הבלתי מאוישים.[3] הוא תמך במדיניות של ליברליזציה מבוקרת בתחום התחרות בין חברות התעופה ולא במדיניות של שמים פתוחים. הוא כיהן בתפקיד עד מאי 2008, לאחר שהחליט לא להמשיך בכהונתו בין השאר לאור חילוקי דעות עם השר הממונה שאול מופז ומנכ"ל משרד התחבורה.[4]
בנוסף, כיהן זהר כיו"ר קלוב התעופה לישראל. במרץ2012 מונה ליו"ר חברת התעופה כים ניר העוסקת בריסוס ובכיבוי אווירי.[5] בספטמבר 2012 מונה למנכ"ל החברה. בתקופה זו גם היה חבר בוועדה לאנרגיה אטומית[6]
היה נשוי לבינה ואב לארבעה. בתו, סגן מיכל זהר, ששירתה כקצינה בחיל השלישות, נרצחה ב-2010 בפיגוע דריסה.[7]נפטר ב-24 ביולי2023 בביתו שביישוב גילון בעקבות מחלה קשה ממנה סבל.[8]
.jpg)
