ב-2006 שיחק בסרט ההרפתקאות "אדון הגנבים" בתור הנער היתום פרופ הארטליב. בנוסף בשנה זו גילם את דמותו הצעירה של אמן האשליות אייזנהיים בכיכובו של אדוארד נורטון, בסרט המתח התקופתי "אמן האשליות".
ב-2009 זכה ג'ונסון לביקורות טובות ראשונות בקריירה שלו על הופעתו בתור ג'ון לנון כנער מתבגר בסרט הדרמה הביוגרפי "נער משום מקום". ג'ונסון הופיע בנוסף בתפקיד הנער ברנט ברואר בסרט "היקר מכולם" שנהרג בתאונת דרכים ומשאיר את אחריו הורים שכולים וחברה בהריון – רוז, בגילומה של קארי מאליגן.
ב-2009 התארס לבת זוגו הבמאית האנגלייה סם טיילור-ג'ונסון (המוכרת יותר בשמה הקודם, סם טיילור-ווד) המבוגרת ממנו ב-23 שנים. הם הכירו בצילומי הסרט "נער משום מקום" שביימה טיילור. ב-2012 הם נישאו. מייד לאחר נישואיהם הם איחדו את שמות המשפחה לטיילור-ג'ונסון. להם שתי בנות משותפות. לה גם שתי בנות מנישואיה הראשונים.