בשנת 2006 זכה במועמדות המפלגה הדמוקרטית לייצוג מחוז הקונגרס השביעי של קולורדו בבית הנבחרים של ארצות הברית, אחרי שגבר בבחירות מקדימות על חברת בית הנבחרים המדינתי לשעבר פגי לאם ועל מועמד נוסף עם 53% מהקולות בפריימריז. במקביל, המפלגה הרפובליקנית הציבה את ריק או'דונל כמועמדה הנגדי לפרלמוטר. לצדם התמודד על ייצוג המחוז גם דייב צ'נדלר, מועמד מטעם המפלגה הירוקה של ארצות הברית. באותם הימים נציג המחוז היה בוב בופריי (אנ'), שנבחר לקדנציה שנייה בבחירות 2004 עם 55% מהקולות, זאת לאחר שנבחר לראשונה ברוב זעום בן 112 קולות בלבד. הוא פרש מהקונגרס אחרי שכשל בניסיונו להיבחר למושל קולורדו.
בשלהי ספטמבר 2006 מסע הבחירות בין או'דונל לפרלמוטר התחמם כאשר הופיעו כרזות תעמולה שציינו כי בעבר תמך או'דונל בביטול הביטוח הלאומי של ארצות הברית. זמן קצר לאחר מכן, סקר של מכון הסקרים "SurveyUSA" מצא כי פרלמוטר מוביל עם 54% תמיכה בקרב דעת הקהל בעוד או'דונל מפגר מאחור עם 37%. ההתמודדות בין השניים נחשבה לצמודה, אך ביום הבחירות הכלליות פרלמוטר ניצח את או'דונל עם 54 אחוזים מקולות הבוחרים. ב-3 בינואר2007 פרלמוטר הושבע לתפקידו כחבר בית הנבחרים האמריקאי.
מאז שנת 2013 הציגו פרלמוטר וחבר בית הנבחרים דני הק חקיקה לשיפור הגישה לשירותים בנקאיים ופיננסיים עבור עסקי קנאביס. ב-25 בספטמבר2019 העביר בית הנבחרים את החקיקה שיזמו פרלמוטר והק ברוב של 321 תומכים מול 103 מתנגדים, בפעם הראשונה בה הצעת חוק עצמאית לרפורמה בעסקי הקנאביס עברה בשני בתי הקונגרס של ארצות הברית[2]. בשלהי 2019 הצביע בעד שני סעיפי ההדחה של דונלד טראמפ[3].
בינואר 2022 הכריז פרלמוטר על פרישתו מבית הנבחרים האמריקאי לקראת בחירות אמצע הכהונה באותה השנה, לכן כהונתו תמה בראשית ינואר 2023[4].
