שנת אדוננו 1476 - הרנסאנס. תרבות ואמנות משגשגים לצד שחיתות ואלימות עקובה מדם. סכסוכי דמים מתנהלים בין המשפחות הפוליטיות השולטות באיטליה.
בעקבות מות אביו ואחיו, אציו אודיטורה דה פירנצה מקבל לרשותו קודקס עתיק, המפתח לשחיתות שמקורה בקונפליקט רב-עידנים בין האבירים הטמפלרים הזדוניים לבין מסדר המתנקשים.
אציו חייב לנקום את מות קרוביו ובכך למלא את ייעודו - לחיות לפי חוקי אמונת המתנקש.
עלילת הספר מתמקדת בגיבור הצעיר אציו אדיטורה, המחפש נקמה על מות משפחתו. תוך כדי, הוא חושף את האמת לגבי אביו ולגבי המורשת שלו. הוא מודרך על ידי מתנקשים, עד שלבסוף הוא הופך לאחד מהם. אציו מתערב במלחמה בין המתנקשים לבין הטמפלרים, ושניהם מחפשים כספת עתיקה באיטליה המכילה טכנולוגיה שיכולה לשלוט בבני האדם.
למרות שהסיפור הוא גרסה כתובה של המשחק "Assassin's Creed II", קיימים מספר הבדלים ברומן הספרותי, כמו גם דברים שנוספו לספר ואינם מתוארים במשחק. בניגוד למשחק עליו הוא מבוסס, שבו סיפור המסגרת מתרחש בזמנים המודרניים דרך עיניו של דזמונד מיילס, שצופה דרך מתקן האנימוס בזיכרונותיהם של אבותיו הקדמונים - הסיפור כולו מתרחש במהלך המאה ה-15 באיטליה, ומתרכז רק בחייו של אציו אודיטורה, כאשר מספר שינויים קטנים נעשו לדמויות, הוספת דמויות שוליות ןתיאורי התנקשויות של אציו בבכירים טמפלרים, בין היתר. אולם, מספר אירועים מתוארים במשחק הבא בסדרה, "Assassin's Creed: Brotherhood", ובמיוחד הזכרונות לגבי כריסטינה וספוצ'י.
