תומאס ג'ייקובסן פינקה נולד בפלנסבורג בשלזוויג. הוא היה בנם של חבר המועצה ג'ייקוב פינקה ואנה טורסמד. הוא סיים את לימודיו בבית הספר היסודי בפלנסבורג. משנת 1577 למד חמש שנים באוניברסיטת שטרסבורג מתמטיקה, רטוריקה ולימודי פילוסופיה אחרים. בשנת 1590 הוא הפך לפרופסור למתמטיקה באוניברסיטת קופנהגן. בשנת 1603 קיבל גם תואר פרופסור לרפואה.
הוא היה נשוי לאיבריה יונגסדטר אייברס (1574–1614). בנו ג'ייקוב פינקה (1592–1663) היה פרופסור לפיזיקה. בנותיו התחתנו עם המדען קספר ברתולין האב (1585–1629), הבוטנאי יורגן פירן (1581–1628), ההיסטוריון אולה וורם (1588–1654) והתאולוג הנס ברוכמנד (1594-1630).[4]
תומאס פינקה נפטר ב-24 באפריל 1656, ונקבר בכנסיית Vor Frue Kirke בקופנהגן.