לאחר שריחפה 57 שנים בחלל, חללית המילוט של אלן ריפלי (סיגורני ויבר) מחולצת על ידי החברה בה הועסקה. לאחר שהיא עומדת בפני ועדה המתחקרת את האירועים ב"נוסטרומו", ריפלי לומדת שבכוכב LV-426 עליו אספו את היצור, התיישבו בינתיים מתיישבים שעוסקים בשינוי פני הכוכב לשם קולוניזציה אנושית בו.
לאחר איבוד קשר עם המושבה, החברה מבקשת את עזרת ריפלי (בהיותה האדם היחיד שהתמודד עם היצור) בהצטרפות לכוח נחתי-חלל שיבדוק מה התרחש במושבה. ריפלי, החוששת ממפגש נוסף עם היצור לאור חוויות העבר, מסרבת תחילה להצטרף. אולם, לבסוף היא מסכימה לאחר שנציג החברה קרטר בורק (פול רייזר), מציע לחדש את רישיון העבודה שלה כקצינה בספינת חלל (שבוטל בעקבות השמדתה את ה"נוסטרומו"), ומבטיח לה שמטרת המסע היא חיסול היצור ולא החזרתו לחללית לשם מחקר מדעי.
לאחר הגעתם למושבה הנטושה על גבי החללית סולאקו, מוצאים ריפלי, בורק והנחתים ילדה קטנה בשם ניוּט, הניצולה היחידה ממתקפת היצורים. הם מגלים שהיצורים השתלטו על המושבה והקימו בה מדגרה, בה הם משתמשים בשאר המתיישבים בתור פונדקאים ליצירת עשרות יצורים, מולם ריפלי והנחתים צריכים להתמודד. המצב מסתבך עוד יותר, כאשר הקצין המפקד על צוות הנחתים מתגלה כחסר ניסיון וריפלי נאלצת לגלות תושייה בעצמה, בעוד האמת אודות כוונותיהם של בורק והחברה לגבי היצורים מתבררת כאפלה משסברה. בסיום הסרט מתוודעים הצופים לדמותה של המלכה - חייזרית ענק שהיא זאת המטילה את ביצי החייזרים. לאחר שריפלי משמידה את הביצים, ועומדת להימלט על גבי הסולאקו יחד עם ניוט, היקס הפצוע ובישוף מגיעה בעקבותיהם המלכה שואפת הנקמה ונוצר מאבק איתנים בינה לבין ריפלי.
