הקריירה המקצוענית של הובניק החלה בצ'כיה, בקבוצת הליגה השנייה סיגמה אולומוק, בה ערך את הופעת הבכורה. באותה עונה עלה עם הקבוצה לליגת העל הצ'כית. לאחר שש עונות בקבוצה עבר הובניק לפ.ק מוסקבה תמורת סכום העברה המוערך בכ-3.5 מיליון אירו[1].
בינואר 2009 הושאל הובניק לשנה לקבוצה הצ'כית ספרטה פראג. עם סיום תקופת ההשאלה הושאל הובניק בשנית, הפעם להרטה ברלין מהבונדסליגה. עם ירידת הקבוצה לליגה השנייה חתם הובניק על חוזה לארבע שנים בקבוצה[2].
רומן הובניק שיחק בכל הנבחרות הצעירות של צ'כיה. בחודש יוני 2009 ערך הובניק את הופעת הבכורה שלו בנבחרת צ'כיה הבוגרת במשחק מול נבחרת מלטה. את שערו הראשון בנבחרת כבש ב-12 באוגוסט 2009 בניצחון 1-3 על נבחרת בלגיה.
