אלבומה הראשון של הלהקה Queens of the Stone Age (1998) הוקלט על ידי הומי, שניגן גם גיטרה וגם בס (תחת השם קרלו וון סקסרון), ומתופף Kyuss לשעבר אלפרדו הרננדז. הקטע הסופי באלבום, "I Was A Teenage Hand Model" כולל סמפול של הודעה קולית שהשאיר באסיסט Kyuss לשעבר, ניק אוליברי, בו הוא מודיע להומי שהוא מעוניין להצטרף ללהקה.
בשנת 2000 הוציאה הלהקה את האלבום Rated R, אלבום שהיווה את פריצת הדרך של הלהקה. לצד הופעת אורח של סולן הסקרימינג טריז מארק לאנגן, כלל האלבום עיבודים מחודשים למספר שירים שהוקלטו בפרויקטים שונים של חברי הלהקה ביניהם ה-Desert Sessions של הומי ו-Mondo Generator של אוליברי.
גרוהל עזב לאחר סיבוב הופעות קצר עם הלהקה והוחלף על ידי מתופף Danzig לשעבר ג'ואי קסטילו. בשנת 2004 פיטר הומי את אוליברי בעקבות תקרית אלימה בה היה מעורב.
בנובמבר 2012 הודיע מתופף הלהקה ג'ואי קסטילו על פרישתו מההרכב לאחר 9 שנים. הלהקה החלה עבודה על אלבומה השישי, Like Clockwork... שיצא ב-4 ביוני 2013, עם דייב גרוהל שוב בעמדת המתופף. האלבום היה הראשון של הלהקה בחברת התקליטים העצמאית Matador Records.
ב-30 במרץ 2013 חשפה הלהקה את המתופף החדש שלה ג'ון ת'יאודור, מתופף דה מארס וולטה לשעבר. במהלך 2015 הקליט הומי, סולן הלהקה, את האלבום Post Pop Depression המשותף עם איגי פופ אשר יצא לאור במרץ 2016. באלבום השתתף גם דון פרטיטה ובמסע ההופעות שליווה את האלבום השתתף גם טרוי ואן ליואן.
באוגוסט 2017 התפרסם אלבומה השביעי של הלהקה, Villains. בהפקת האלבום השתתף בין היתר מארק רונסון, והוא כולל השפעות אלקטרוניות והשפעות של מוזיקת דאנס.
ב-2023 יצא האלבום In Times New Roman.... כמו שני קודמיו יצא גם הוא בחברת התקליטים Matador Records.