לדעת יהודה אליצור ניתן להסביר כי גם פרעתון הייתה מן הערים שהיו לשבט אפרים בתוך גבולות נחלת שבט מנשה, כפי שכתוב "ערים האלה לאפרים בתוך ערי מנשה",[5] "והערים המבדלות לבני אפרים בתוך נחלת בני מנשה כל הערים וחצריהן".[6][7]
הרב דוד הלל וינר טוען כי פרעתון היא כינוי לעיר המקראית גזר.[8]
חוקרים רבים מזהים את המקום עם פרעתון המקראית ועם הכפר פרעתא, כמצוין לעיל. אולם, חוקרים אחרים שוללים את אפשרות הזיהוי של פרעתון שביהודה עם פרעתון המקראית, שמיקומה כאמור בארץ אפרים. מיכאל אבי יונה הציע לזהות את פרעתון שביהודה עם ח'ירבת עין פרה שבנחל פרת, וגרשון גליל זיהה את פרעתון שביהודה עם ח'ירבת אל פרעה, 4.5 ק"מ צפונית לאדוריים.[4]
