האנטומיה של הפרי הוא המבנה הפנימי של הפרי, איבר שהתפתח משחלת הפרח ומכיל את הזרע. בפירות בשרניים החלק העוטף את הזרע, ולרוב האכיל, נקראה פריקרפ או קליפת הפרי, חלק זה הוא הריקמה שהתפתחה מקירות שחלת הפרח. כמה ירקות אכילים כגון מלפפון, עגבנייה הם למעשה מבחינה בוטנית פירות.
נהוג לחלק מבחינה אנטומית את הפירות לשלוש קטגוריות:
