ימי הביניים, התקופה שהוגדרה לראשונה על ידי אנשי הרנסאנס האיטלקי, אשר תחילתה בנפילת האימפריה הרומית, הייתה תקופת השיא בגיבושן של הדתות האברהמיות הגדולות: היהדות הרבנית עם חתימת התלמוד במאה ה-6, ניסוח הדוגמות המרכזיות של הנצרות הקתולית והאורתודוקסית ועליית האסלאם. עיקר הדיון הפילוסופי בתקופה זו התנהל בצל שלוש הדתות הגדולות, ונסוב על היחס בין אמיתותיהן לבין אמיתות השכל, כפי שנתפשו במסורת הפילוסופית. בתקופה זו הגיעו לשיא פריחתם המדעים היווניים השונים, כפי שהובנו על ידי אנשי ימי הביניים.
ראשיתה של הפילוסופיה האסלאמית בתנועת התרגומים שיזמה השושלת העבאסית. בגדאד, בירתה של השושלת, שימשה מקום מפלט נוח למלומדים פגאנים ומינים נוצריים שנמלטו מן המערב. באמצעות תרגומים מן היוונית לסורית ולערבית השתמרו כתביהם של גדולי ההוגים הפגאניים של העת העתיקה בנושאים מגוונים: אתיקה, כתבים פוליטיים, מחקרים מתחום פילוסופיית הטבע, מתמטיקה, אסטרונומיה ואסטרולוגיה. בשילובן של חכמת הודיות ופרסיות פותחו מדעים אלה ושוכללו בארצות שתחת שלטון האסלאם. בין ההוגים הערבים הבולטים של תקופה זו ניתן למנות את אל-פאראבי, אבן סינא (בלטינית: Avicenna), אל-ע'זאלי ואבן רושד (בלטינית: Averroes).
היהודים לא היו שונים מהעמים האחרים שחיו תחת שלטון האסלאם. בהשפעת פריחת התרבות האינטלקטואלית הסובבת אותם, הופיעו גם משכילים יהודים שעסקו ב"חכמות החיצוניות", לרוב לצד העיסוק בהלכה היהודית ובתורת ישראל. על אלה ניתן למנות את רבי סעדיה גאון, רבי יהודה הלוי והרמב"ם - רבי משה בן מימון. היהודים תרמו להעברת המדעים שהתפתחו בארצות המוסלמיות לאירופה הנוצרית של ימי הביניים. עם עלייתם של זרמים מוסלמיים קיצוניים בספרד של המאה ה-12, שהייתה מרכז חשוב של התרבות היהודית, נאלצו רבים מהמלומדים היהודים לברוח לארצות מוסלמיות אחרות, או צפונה - לאירופה. הם נשאו עמם את חכמתם ותירגמוה מערבית לעברית ואחר כך גם ללטינית. בין החכמים היהודיים שחיו תחת שלטון נוצרי ניתן למנות את רבי אברהם אבן עזרא, שנמלט מספרד המוסלמית לאיטליה והוא כבן חמישים, אברהם בר חייא, רבי חסדאי קרשקש ויוסף אלבו.
הפילוסופיה הנוצרית ראשיתה באבות הכנסייה אשר הבולט מביניהם הוא אוגוסטינוס בישוף היפו. פילוסופיה זו התפתחה בהשפעה ההגות ההלניסטית הניאופלטונית וכתביו הלוגיים של אריסטו (שכונו בשם "האורגנון" - הכלי, ביונית). החל מהמאה ה-12 החלה תנועה של תרגומים שחשפה את אירופה לפילוסופיה האריסטוטלית שנשתמרה והתפתחה בארצות האסלאם. המחשבה הימי ביניימית המאוחרת התפתחה בעיקר באוניברסיטאות הנוצריות ("הסכולסטיקה הנוצרית"), ויחסו של הכס הקדוש אליה היה אמביוולנטי. על הפילוסופים הנוצרים המאוחרים של ימי הביניים ניתן למנות את פייר אבלר (Abelard), אלברטוס מגנוס (Albertus Magnus), תומאס אקווינס (Thomas Aquinas), ויליאם מאוקאם (William of Ockham), וניקולאוס קוזאנוס.
קישורים חיצוניים