במאה ה-17 נבנתה מערכת תעלות באי הראשי של ניאיגטה. בתקופה זו הוסטו זרמי הנהרות שינאנו ואגאנו כך שנשפכו באותה נקודה לים יפן. כתוצאה מכך, ניאיגטה שגשגה כעיר נמל, עת שימשה נמל עגינה לספינות מסחר יפניות שצלחו את ים יפן. בשנת 1730 נחפרה תעלת מצוגסאקי על מנת לנקז את שטח נהר אגאנו, אולם שנה לאחר מכן, הרסו הצפות את התעלה והפכו אותה לזרם המרכזי של הנהר. כתוצאה מכך נפח המים שזרם לנמל ניאיגטה פחת, דבר שאפשר ייבוש של חלקי קרקע ופיתוח שדות אורז חדשים.
בשנת 1858 נכללה ניאיגטה בין חמשת הנמלים שייפתחו לסחר בינלאומי תחת הסכם הידידות והמסחר בין ארצות הברית ליפן. עם זאת, מפלס המים הנמוך בנמל עיכב את הפתיחה של הנמל לספינות זרות עד לשנת 1869. הנמל גם שימש נקודת מוצא לדייגים שפעלו בים יפן והגיעו אף לאזור קמצ'טקה לדיג של דגי סלמון.
בשנת 1886 נבנה גשר בנדאי הראשון מעל נהר שינאנו שחיבר בין אזורי היישוב בניאיגטה במזרח לאזורים בנוטארי במערב. בשנת 1914 כבר הייתה נוטארי חלק מהעיר ניאיגטה.
במהלך מלחמת העולם השנייה היווה מיקומה האסטרטגי של ניאיגטה בין טוקיו לים יפן נקודת מפתח למשלוח מתיישבים ואנשי צבא ליבשת אסיה, לרבות למנצ'וקוו. ב-1945, לקראת סוף המלחמה, ניאיגטה נבחרה כאחת מארבע המטרות האפשריות להטלת פצצת האטום. מושל מחוז ניאיגטה הורה על פינוי האוכלוסייה בעקבות השמועות כי ההפצצה קרבה, והעיר הייתה נטושה למשך ימים. תנאי מזג אוויר והריחוק של העיר מבסיסי המטוסים באיי מריאנה הובילו להעדפת נגסאקי על פני ניאיגטה.
בשנת 1950 הושלמה בניית תחנת הרכבת בניאיגטה. בשנת 1955 פרצה שרפה שכילתה אזור נרחב ממרכז העיר, אך העיר התאוששה מכך לבסוף. בשנת 1964 מולאו תעלות ישנות שזרמו ברחבי העיר באדמה על מנת לסלול כבישים חדשים. ב-16 ביוני 1964 פקדה את העיר רעידת אדמה במגניטודה של 7.5 בסולם ריכטר. ברעש זה נהרגו 29 בני אדם ונזק נרחב נגרם לרכוש, כאשר כ-2,000 מבנים ניזוקו לחלוטין, כ-6,600 ניזוקו חלקית ולמעלה מ-15,000 הוצפו כתוצאה מהתנזלות קרקע.
בשנת 1982 החלה השינקנסן לשרת את ניאיגטה בקו שנחנך לאומייה והוארך בשנת 1991 לטוקיו. בשנת 2002 אירח אצטדיון הכדורגל הניאיגטה שלושה משחקים במהלך מונדיאל 2002 שנערך ביפן ובקוריאה הדרומית.
בין השנים 2001–2005 גדלו שטחה ואוכלוסייתה של ניאיגטה עם צירופם של יישובים סביבה לשטח המוניציפלי של העיר. ב-1 באפריל2007 הפכה העיר לעיר בתקנה ממשלתית, הראשונה לחופו של ים יפן.
גאוגרפיה
ניאיגטה שוכנת על מישור פורה לחופו של ים יפן, כאשר ממול לחופי ניאיגטה נמצא האי סאדו. נהרות שינאנו ואגאנו זורמים בתחומי העיר ונשפכים לים יפן. בתחומי העיר נמצאים אזורי ביצה רבים, בהם לגונת סקאטה הרשומה כאזור ביצה בעל חשיבות תחת אמנת רמסר. מיקומה של ניאיגטה בגובה פני הים מחייב נקיטת אמצעים של מניעת שיטפונות וייבוש שטחי מים כפי שניכר לאורך ההיסטוריה של העיר.
אקלים
בניאיגטה אקלים סובטרופי גשום עם לחות גבוהה ורוחות חזקות מכיוון ים יפן. כמות הגשם בניאיגטה רבה, עם 269 ימים גשומים בממוצע בשנה. לעומת זאת, כמות השלג בניאיגטה פחותה בהשוואה לאזורים אחרים במחוז בשל גובהה הנמוך וההשפעה של האי סאדו. העונות מרובות המשקעים בעיר הן ביולי ובחודשי החורף. בקיץ מזג האוויר בניאיגטה חם. טייפונים מביאים איתם רוחות פן חזקות שמעלות את הטמפרטורה באזור זה יותר מאשר אזורים אחרים במדינה.
חלוקה מנהלית
ניאיגטה מחולקת לשמונה רבעים: קיטָה, היגאשי, צ'וּאוֹ, קוֹנאן, אַקיהָה, מינאמי, נישי ונישיקאן. הרבעים נוצרו ב-1 באפריל 2007, עת הפכה ניאיגטה לעיר בתקנה ממשלתית.