עם הקמת המדינה מונה לחשב הכללי הראשון וכיהן בו עד לשנת 1952.
החל מאותה שנה היה המשנה למנכ"ל משרד האוצר.[6][7] ב-1960, במקביל לכהונתו כמשנה למנכ"ל, הוקמה ועדת ניירות ערך, אשר נועדה לתת מענה ולטפל בבעיות בשוק ניירות הערך וזגגי מונה ליו"ר הראשון שלה.[8][9][10] זגגי פרש מתפקידו כמשנה למנכ"ל לאחר 17 שנה בשנת 1969.[3]
עם פרשתו מתפקיד המשנה למנכ"ל משרד האוצר מונה ליו"ר הראשון של רשות לניירות ערך עד שהודיע על רצונו לפרוש וסיים את תפקידו ב-2 ביוני 1974.[11]
בנוסף זגגי היה פעיל בחברות שונות, בין היתר חבר דירקטוריון קבוצת כלל מיום הקמתה, יו"ר הדירקטוריון הראשון של חברת הנאמנות למקרקעין באשדוד בע"מ,[12] וחבר דירקטוריון ברסקו.[13]
בתקופת כהונתו הן במשרד האוצר והן כיו"ר רשות ניירות ערך זכה להערכה במשרד האוצר, כולל משרי האוצר השונים וכן מחוץ למשרד.[3][14]
בשנת 1970 הוקמה קרן זגגי לטובת אמנים וסופרים, הקרן הוקמה על ידי חברות גדולות במשק כגון בנק הפועלים, בנק דיסקונט וכלל, וזאת במטרה להוקיר את פעילותו של זגגי לאחר פרישתו מתפקיד המשנה למנכ"ל משרד האוצר.[15]
לאחר פטירתו של זגגי הוקמה ב-1981 "יד זגגי", קרן למחקרים פיננסיים על שמו.[16] בתחילת שנות ה-90 ראו אור מספר ביוגרפיות של אמנים ואנשי כלכלה ישראלים בזכות הקרן, בין היתר הספרים: "חנוך לוין: איש עם המיתוס באמצע", "יונה וולך: ביוגרפיה" .[4][17][18] כיום פועלת קרן ע"ש מרדכי זגגי לכנסים ומחקרים בתחום שוק ההון באוניברסיטה העברית.[19]
זגגי היה נשוי ללאה, ולהם שתי בנות: רותה אשר שירתה בפלמ"ח[20] ומוותיקות עורכי הדין בישראל ונפטרה ב-2016[21][22] ואנה (אנינה) אשר שירתה גם היא בפלמ"ח ונפטרה ב-1968.[23][24] הוא נפטר ב-1977 ונקבר בבית העלמין בגבעת שאול.[25]
