מרגוט נולדה בפרנקפורט שבגרמניה לאוטו פרנק ולאדית פרנק. בשנת 1929 נולדה אחותה הצעירה והמפורסמת אנה פרנק. מרגוט למדה בבית הספר לודוויג-ריכטר בפרנקפורט עד שנת 1933 שלאחריה עקרה משפחת פרנק להולנד מאימת רדיפות הנאצים בגרמניה. מרגוט נרשמה ללימודים בבית ספר הציבורי ברחוב יקרסטראט שהיה קרוב לביתם בכיכר המרוודפליין באמסטרדם, ב-10 במאי1940 תקפה גרמניה הנאצית את הולנד ובלגיה. הולנד נכבשה תוך חמישה ימים ונכנעה ב-15 במאי. מרגוט ואנה גורשו מבתי הספר ההולנדים בהם למדו בעקבות גזירה שקבעה כי תלמידים יהודים יכולים ללמוד רק במסגרות חינוכיות יהודיות, ועברו ללמוד בבית ספר הגמנסיה היהודי. תלמידי בית ספרה העידו לאחר פרסום יומנה של אנה פרנק כי מרגוט הייתה תלמידה מבריקה, ילדה מופנמת ובעלת זיקה עמוקה לדת היהודית. היא גילתה עניין בחיי הקהילה, למדה את השפה העברית והשתתפה בתפילות ושיעורי דת בבית הכנסת. בשנת 1941 היא הצטרפה לקבוצה הולנדית ציונית שהכינה את חבריה לעלייה לארץ ישראל, ביומנה מציינת אנה פרנק כי מרגוט חלמה להיות מיילדת ולחיות במדינה יהודית בארץ ישראל.
הכניסה למחבוא
בחודש יולי 1942 קיבלה מרגוט פרנק זימון מטעם הלשכה המרכזית להגירת יהודים, שהורה לה להתייצב לצורך העברה למחנה עבודה. אוטו פרנק החליט כי הגיע העת לעבור למחבוא שהוכן מבעוד מועד בחודשים הראשונים של שנת 1942 על ידי אוטו פרנק, בשיתוף עובדיו הקרובים בחברת אופטקה, בחלק האחורי של בית המשרדים ברחוב פרינסנחראכט 263 (Prinsengracht, בעברית: "תעלת הנסיך"). הכניסה למחבוא הוסתרה מאחורי ארון ספרים מסתובב על ציר, החלונות נצבעו והואפלו, וכך נעלם הבית האחורי מעין זר.
מרגוט ביומנה של אנה
בזמן המסתור הייתה מרגוט, מופנמת וסגורה יותר ולא ביטאה את עצמה בגלוי כפי שעשתה אנה. מרגוט גם כתבה יומן אך הוא לא נמצא לאחר המעצר. מה שאנחנו יודעים על מרגוט אנחנו לומדים מיומנה של אנה.
מרגוט מתוארת ביומן כ "מסודרת, שקטה ומקבלת ציונים טובים". בתקופת הסתתרות ארגן אוטו פרנק את לימודיהם של מרגוט, אנה ופיטר (בנם של הרמן ואוגוסטה ואן פלס). ניתן ללמוד מיומנה של אנה מה מרגוט למדה ובמה התעניינה ברישום ביומן המפרט את תחומי הלימוד והעניין של כל המסתתרים. ברשימה של מרגוט מופיעים תחומי הלימוד הבאים: טריגונומטריה, גאומטריה, מכניקה, פיזיקה, כימיה, ביולוגיה, אלגברה. שפות לימוד אנגלית, צרפתית, לטינית, גרמנית והולנדית. קצרנות באנגלית, גרמנית, והולנדית. הנהלת חשבונות, גאוגרפיה, היסטוריה מודרנית, כלכלה. קוראת הכל במיוחד בנושאים דת ורפואה.
מרגוט מתוארת כנערה אינטליגנטית ושקדנית. במקום נוסף מופיעים "מגוון סגולותיה ואופיה" שהיא "טבעית, טובה, חכמה, שלמות עצמה, מופת של סגולה".
בבוקר 4 באוגוסט1944, פרצו למחבוא שוטרים ממשטרת הסדר הגרמנית (גרמנית: Ordnungspolizei) שפעלו על סמך הלשנה של אדם שנותר אלמוני עד היום. בראש הכוח עמד נגד אס אסקרל זילברבאואר מהאס דה ואיתו עוד 3 קציני משטרה נוספים. משפחת פרנק ושאר דיירי המחבוא נלקחו למטה הגסטאפו ומשם הועברו, לאחר חקירה, לבית מעצר בו שהו יומיים ולאחר מכן הועברו למחנה המעבר המשטרתי ליהודים וֶסְטֶרְבּוֹרְק. ביום 3 בספטמבר 1944 יצאה קבוצת דיירי המחבוא במשלוח האחרון מווסטרבורק לאושוויץ אליו הגיע לאחר מסע של 3 ימים. על הרכבת הגיעה עם משפחת פרנק בלומה אייפרס-עמדין מורה ופסיכולוגית יהודייה שהכירה את האחיות לבית פרנק עוד מימי בית הספר היהודי. אייפרס-עמדין הייתה בקשר רצוף עם אנה מרגוט ואמם ותרמה למחקר ההיסטורי את הרקע לשבעת החודשים האחרונים לחייהן.
באושוויץ נערכה סלקציה לאסירים במשלוח, מתוך 1,019 נשלחו 549 מיד להשמדה. קבוצת המסתתרים במחבוא שרדה את הסלקציה הראשונית אך נשות משפחת פרנק הופרדו מאבי המשפחה והקשר נותק. גורלם לא היה שונה מגורל האסירים האחרים במחנה. לאחר הסלקציה הופשטו הנשים, שיערותיהן נגזזו ומספר קועקע על זרוען. ביום הן עסקו בעבודת כפייה ובלילה הן נדחסו לצריפים. עדויות מאוחרות מעידות כי אנה פרנק התקשתה לעכל את חיי המחנה והסתגרה בתוך עצמה או נתקפה בבכי. בחיי היום יום גילתה אנה פרנק תושייה וכוח. היא תמכה באחותה ואמה והצליחה למצוא מזון בנוסף על ההקצבה הזעומה. תנאי התברואה הקשים גרמו לגרדת קשה ולהעברת בנות המשפחה לחדר בידוד שהיה חשוך ושורץ חולדות, האם אדית ביקרה אותן בחשאי והעבירה להן את קצבת המזון שלה דרך בור שנחפר מתחת לקיר הביתן.
ברגן-בלזן
בחודש אוקטובר 1944 החלה העברת אסירות מאושוויץ למחנות עבודה וריכוז הרחוקים מהחזית, בשלב זה נותק הקשר בין בלומה אברס-אמדן לבנות משפחת פרנק שביום 28 באוקטובר הועלו על משלוח אסירות שכלל את אוגוסטה ון-פלס לברגן-בלזן. האם אידית פרנק נותרה באושוויץ ומתה מרעב בתאריך לא ידוע. בסוף אוקטובר ותחילת נובמבר הגיע לברגן-בלזן משלוח של כ-3,000 נשים מאושוויץבירקנאו; נשים חולות שיצאו מאושוויץ. הם הובלו בקרונות בצפיפות נוראית והוכנסו לאוהלים ללא תאורה, שירותים או תנאים היגייניים מינימליים. ב-7 בדצמברסופה עקרה מספר אוהלים, והנשים נאלצו לעמוד מספר שעות בקור העז תחת מטר שוטף עד שהוכנסו לאוהל המטבח למשך הלילה. למחרת פונו מספר אוהלים של חולים לצורך שיכונן של הנשים. ב-2 בדצמבר היה מספרם של הכלואים בברגן-בלזן 15,257, מתוכם 8,000 נשים במחנה הנשים. בתחילת 1945 עמדה מנת המזון היומית של אסיר על ½ ליטר מים ופרוסת לחם או תפוח אדמה. פעמיים בשבוע היו האסירים מקבלים מנה של מים מעופשים רותחים שנקראה "קפה". בחלק מהמחנה כלל לא הייתה אספקת מים, והאסירים נאלצו לשתות ממקורות מים מזוהמים, ולא יכלו להתרחץ. בחודש מרץ 1945 השתוללה בברגן-בלזן, כתוצאה מתנאי התברואה הבלתי אפשריים, מחלת טיפוס שהתפשטה במהירות בקרב האסירים והפילה חללים רבים. לפי רופא האסירים, ד"ר לאו, כעשירית ממקרי המוות במחנה היו עקב מחלת הטיפוס; החלק האחר של מקרי המוות היה עקב מחלות בטן שונות, תשישות ורעב. בשל מגפת הטיפוס הורה הימלר שלא לפנות את ברגן-בלזן אל עבר תחומי גרמניה הנאצית, בניגוד לשאר מחנות הריכוז. על פי עדויות מאוחרות של אסירות, מרגוט שהייתה תשושה נפלה מהדרגש ומתה, ימים מספר לאחר מכן נפטרה אנה ממחלת הטיפוס. תאריכי מותן המדויקים אינם ידועים.
בפברואר הפכה בעיית פינוי הגופות להיות הבעיה החמורה ביותר של המחנה, מאחר שבקרמטוריום יכלו לשרוף בו-זמנית רק 3 גופות. במרץ החלה ערימת גופות בתלים שבהם הונחו עצים ספוגים בנפט, אשר הובערו; אך בסוף מרץ אסר משרד היערות על שימוש בעצים למטרה זו בשל זיהום האוויר של האזור מסביב, וגופות האסירים נותרו במקום שבו מתו. לכשהיה ברור כי השחרור קרב, עשו הגרמנים מאמץ אחרון לפינוי הגופות. בין ה-11 ל-14 באפריל נלקחו האסירים שעוד יכלו ללכת למלאכת פינוי הגופות. הגופות הועברו לנקודה מרוחקת במחנה ונזרקו לקבר אחים ענק. גורלן של אנה ומרגוט פרנק לא היה שונה וגופותיהן נעלמו ומקום קבורתן לא נודע. לאחר שחרור המחנה, על ידי הצבא הבריטי ביום 21 במאי, הועלה מחנה ברגן-בלזן באש ונמחה מעל פני האדמה.
