מאייר שיחק כילד ברוט-וייס אוברהאוזן ובדיסבורג, ובשנת 2009, כאשר היה בן 14, החל לשחק בנוער של שאלקה 04. בעונת 2011/12 זכה עם הקבוצה באליפות הליגה עד גיל 19, לאחר ניצחון בגמר 1–2 על באיירן מינכן. בעונה זו הבקיע 11 שערים ובישל 11 שערים. בזכות הצלחתו של מאייר, מהירותו הגבוהה ושליטתו בכדור, הוצע לו חוזה מקצועני בקבוצה הבוגרת עד לשנת 2015, על ידי מנכ"ל הקבוצה הורסט הלדט.
בעונת 2012/13, לאחר מעברו של לואיס הולטבי לטוטנהאם הוטספר, ופציעות של מספר שחקנים, נכלל מאייר בסגל של שאלקה לבונדסליגה ולליגת האלופות. בפברואר 2013 ערך מאייר את הופעת הבכורה בליגה, בתיקו 2-2 מול מיינץ 05, כאשר נכנס כמחליפו של רפאל ובישל את שער השוויון למישל בסטוס, ועד לתום העונה ערך סך הכל חמש הופעות. בעונת 2013/14 ערך הופעת בכורה בליגת האלופות מול פאוק סלוניקי, והבקיע את שער הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת של שאלקה במסגרת הגביע הגרמני מול דרמשטאדט 98. מאייר הצטיין בליגת האלופות מול צ'לסי, שהייתה מוכנה לשלם עבורו 15 מיליון אירו. במסגרת הליגה, הבקיע מאייר בעונה זו שישה שערים. בנובמבר 2013 האריך מאייר את חוזהו בקבוצה עד 2018.
בעונת 2014/15 מאייר תפס מקום קבוע בהרכב הקבוצה, והבקיע חמישה שערי ליגה. כמו כן, מאייר הצטיין גם בליגת האלופות, בה הגיעה שאלקה עד לשמינית הגמר, והייתה קרובה להדיח את ריאל מדריד. בעונת 2015/16 שוב הבקיע מאייר חמישה שערי ליגה, ובישל שבעה שערים, כשהוא מחזיק את הקישור בצוותא עם צעירים אחרים כיוהנס גייס, לאון גורצקה, פייר-אמיל הויביאו, אלסנדרו שופף ולרוי סאנה.
מאייר היה חלק מנבחרת גרמניה עד גיל 17 לאליפות אירופה בכדורגל עד גיל 17 שנערכה בשנת 2012. מאייר הבקיע שלושה שערים בטורניר, בו הגיעה גרמניה עד הגמר והפסידה לנבחרת הולנד עד גיל 17 בפנדלים. למרות זאת, מאייר הוכתר כמלך השערים, נבחר כשחקן המצטיין בטורניר, ונכלל בנבחרת הטורניר. באותה שנה זכה בפעם הראשונה במדליית הכסף במסגרת פרס מדליית פריץ ואלטר, הישג אותו שחזר כעבור שנתיים. מאייר שיחק גם בנבחרת גרמניה עד גיל 19, ובנבחרת גרמניה בכדורגל עד גיל 21, במדיה ערך 17 הופעות והבקיע שישה שערים.
