גונדרי נולד בורסאי, צרפת. עבודתו כיוצר סרטים החלה בווידאו קליפ שביים עבור להקת הרוק הצרפתית Oui Oui, שבה גם תיפקד כמתופף. סגנון עבודותיו המיוחד לכד את תשומת לבה של האמנית המוזיקלית ביורק, שביקשה ממנו ליצור קליפ עבור שירה Human Behaviour. שיתוף הפעולה בין השניים נמשך זמן רב, במהלכו ביים גונדרי עבור הזמרת שבעה וידאו קליפים. אמנים אחרים ששיתפו פעולה עם הבמאי היו הווייט סטרייפס, הכמיקל ברדרס, בק, דאפט פאנק,פו פייטרס, הרולינג סטונס וקיילי מינוג. גונדרי יצר מספר פרסומות טלוויזיה; אחת הפרסומות המפורסמות יותר, למכנסי הג'ינס של לוי שטראוס ושות', זכתה בפרס אריה הזהב בפסטיבל קאן. הוא היה חלוץ השימוש בטכניקות זמן הקליע, שזכו לתפוצה רחבה בסרט "מטריקס" (The Matrix); דוגמאות בולטות הן הווידאו קליפ Like a Rolling Stone שביים עבור להקת הרולינג סטונז, ופרסומת שביים ב־1998 עבור וודקה סמירנוף.
גונדרי נחשב (יחד עם הבמאים ספייק ג'ונז ודייוויד פינצ'ר) לנציג בולט של זרם במאי וידאו קליפים העוברים לביים סרטים באורך מלא. גונדרי ביים את סרטו הראשון באורך מלא, "המין האנושי" (Human Nature), ב־2001 (המבוסס באופן רופף על הסיפור הקצר דין-וחשבון לאקדמיה, מאת קפקא) וזכה לביקורות מעורבות. תסריט הסרט נכתב על ידי התסריטאיצ'ארלי קאופמן שכתב גם את התסריט לסרטו השני של גונדרי "שמש נצחית בראש צלול" (Eternal Sunshine of the Spotless Mind). סרט זה יצא למסכים בשנת 2004, וזכה לשבחים ולפרסים רבים. הסרט משתמש בעיבודי תמונה דיגיטליים רבים שאיתם ערך ניסויים בווידאו קליפים שביים. בהמשך החל גונדרי לביים גם תסריטים שכתב בעצמו, בהם מדעי החלום (2006) ו-"קדימה, תריץ אחורה" (2008).
ב-2013 ביים את הסרט התיעודי המונפש "האם האיש הגבוה מאושר?" (Is the Man Who Is Tall Happy?), ראיון מאויר עם פרופ' נועם חומסקי.
.svg){kind=logo}
