אולימפיאדת ריו דה ז'ניירו הייתה האולימפיאדה ה-16 שבה השתתפה משלחת ישראלית, מאז החלה ישראל את השתתפותה במשחקים האולימפיים בשנת 1952. המשלחת הישראלית כללה 47 ספורטאים שהתחרו ב-17 ענפי ספורט שונים. גודל המשלחת שבר את השיא הקודם של 43 ספורטאים מביג'ינג 2008 והייתה המשלחת הגדולה ביותר ששלחה ישראל מאז שהחלה להשתתף במשחקים האולימפיים עד שהשיא נשבר לאחר מכן עם המשלחת לאולימפיאדת טוקיו 2020 שכללה 90 ספורטאים.
טרם התחלת האולימפיאדה אפשרה רשת פייסבוק למשתמשים להוסיף לתמונת הפרופיל שלהם באופן זמני את הלוגו האולימפי ואת דגל המדינה בה הם תומכים במשחקים. אולם ישראל ודגלה לא נכללו ברשימה זו. מאוחר יותר, כנראה בעקבות תלונה שהעביר הוועד האולימפי של ישראל, הוסף הדגל לסוף הרשימה ולא בהתאם לסדר האלף בית.[1][2]
לפני טקס פתיחת האולימפיאדה, אליו הוסעו משלחות באוטובוסים מעורבים, ראש המשלחת הלבנוני מנע את כניסת המשלחת הישראלית לאוטובוס בו ישבה המשלחת הלבנונית ועל כך ננזף מאוחר יותר.[3]
הג'וּדָאִית הסעודית, ג'וד פאחמי, הואשמה כי לא הופיע לקרב הראשון שלה על מנת להימנע מאפשרות שאם תנצח בקרב היא תתחרה נגד הג'וּדָאִית, גילי כהן. מנגד, טענו פאחמי והועד האולימפי הסעודי כי פרישתה נובעת מפציעה שהיא ספגה במהלך האימונים והמלצת הצוות הרפואי שלא להשתתף בתחרות על מנת לא להחמיר את הפציעה.[4][5]
כמו כן, הקרב בין הג'ודוקא אורי ששון לג'ודוקא המצרי אסלאם א-שיהאבי עמד בסימן של לחץ על הג'ודוקא המצרי להימנע מלהופיע לקרב, אך א-שיהאבי הגיע לקרב. עם סיום הקרב, לאחר שנוצח על ידי ששון, א-שיהאבי סירב ללחוץ את ידו, צעד שנתקל בביקורות רחבה לצד תמיכה של המתנגדים לנורמליזציה עם ישראל בעולם הערבי. מאידך, בניגוד למגמת החרמת ישראל, מרימת המשקולות המצרית סארה סמיר לחצה את ידו של אלכס גלעדי, שהעניק לה את מדליית הארד בה זכתה.[6]