הביתן היפני נועד להציג את תרבותה, מטבחה והארכיטקטורה של יפן.
מבני הביתן היפני בנויים בסגנון ארכיטקטוני יפני. המבנים בנויים סביב חצר מרכזית, בפתח הביתן, לחוף הלאגונה, שער טוריאי יפני מסורתי. בביתן גן יפני בו זורם פלג בין מספר ברכות עיטוריות. בגן מצויה פגודה יפנית. בביתן, מעבר לחפיר נמצאת מצודה יפנית פאודלית בה מוצגים חפצי אומנות יפניים. בביתן כלבו המוכר מוצרים יפניים: ספרים, מאנגה, תכשיטים, ביגוד (קימונואים ונעליים יפניות), צעצועים וכלי הכנה והגשה של מאכלים יפניים.
בביתן מספר מסעדות יפניות.
במבנה מקום למתקן שעשועים או מתקן אפל, אולם מתקן זה מעולם לא עבר את השלב התכנוני.
