יובל מסנר נולד באוסלו שבנורווגיה, שם למד אביו רפואת שיניים. כשהיה בן 5 חזרה המשפחה לישראל. גדל בפתח תקווה. החל לנגן בצ'לו בגיל 8.
כתלמיד בבית הספר "רימון" הקים מסנר ב-1986 את להקת "טאטו" ובמקביל הצטרף גם להרכביג'אז שונים. ב-1987 השתתף כנגן אורח באלבום "משינה 2" של להקת משינה. באותה שנה הצטרף להרכב הג'אז האתני אנסמבל מזרח־מערב ושנה אחר כך היה שותף להקלטת אלבום הבכורה של ההרכב "זכרונות סיני"[1].
ביולי 1989 השקה קטינה באלכוהול, קשר אותה למיטתו ואנס אותה פעמיים בזמן שהיא בוכה, שורטת אותו ומנסה להשתחרר מהחבלים שבהם קשר אותה.[2][3] הוא הורשע באונס קטינה, ונידון לחצי שנת מאסר בפועל ולשנת מאסר על תנאי.[4][5] פסק הדין עורר ביקורת בשל העונש הקל יחסית ולשונה של השופטת ויקטוריה אוסטרובסקי-כהן, שהרבתה לנזוף דווקא במתלוננת על התנהגותה.
ב-1990 הקים יחד עם דנה ברגר ועם דן תורן את להקת "בלאגן". הלהקה התפרקה בתחילת 1992. באותה שנה השתתף ב"זורנה", האלבום השני של אנסמבל מזרח-מערב. שיתוף הפעולה עם האנסמבל המשיך גם באלבומה השלישי "טקס דמיוני" משנת 1998. מסנר הצטרף באותה שנה ללהקת "אאורה" (יחד עם אורלי פרידר ואחיה, שרון בוזין) שהוציאה אלבום ראשון ב-1999.
מאז 1994 ניגן בעיקר עם ערן צור, ובין היתר גם הלחין את מילותיו של צור לשירים "ערב ב' כסלו" ו"פתאום נהיה קיץ". בין השנים 1998–2003 הופיע גם עם גבריאל חסון.
בשנת 2001 ערך איחוד חד פעמי עם אלונה דניאל ועם ערן צור, לצורך ביצוע שיר בתוכנית הטלוויזיה "פרפר לילה". האיחוד הפך אחר כך למופע קבוע שכלל שירים חדשים וגרסאות מחודשות לשירים ותיקים[6]. בתחילת 2004 יצא אלבום המופע בשם "רביעיית מסנר"[7].