נולד וגדל בטירת שלום, מושב סמוך לנס ציונה למשפחה דתית שמוצאה מהכפר כ'או בתימן[1], ניני התייתם מאביו שהיה רב בגיל 3. בעודו ילד הופיע בטקס הנחת אבן פינה לבית ספר במושב ואמר: "למען התורה והחינוך היינו מסכנים את חיינו והולכים בין שבילי הפרדסים כדי להגיע לבית הספר בנס ציונה"[2].
בשנות נעוריו ובגרותו המוקדמת שירת בהגנה, והוכשר כסייר וחבלן בפלוגה המיוחדת (המגויסת) של ההגנה והפלמ"ח. שירת ביחידה המבצעית של שירות הידיעות של ההגנה (הפלוגה המיוחדת שנקראה אף המגויסת) ולאחר מכן של ה-ש.ב (המחלקה הערבית). במהלך מלחמת העצמאות שימש כמפקד כיתה ולחם בדרך לירושלים, בעמק הירדן ובנגב. עם תום המלחמה הצטרף ליחידה המבצעית של שירות הביטחון הכללי, והתמנה כרכז ה-ש"ב בקרב הבדווים בנגב. השתתף בפגישות של ועדת שביתת הנשק ירדן–ישראל, סייע בהעלאת יהודי תימן בעליית "על כנפי נשרים" ועליית הנשארים בתימן בין השנים 1986–1995.
בשנים 1958–1960 יצאו רעייתו נורית והוא לשרת בשגרירות ישראל בארצות הברית, ובשנים 1962–1964 שימש כמזכירו וראש לשכתו של שר החינוך זלמן ארן. במהלך שנות עבודתו האקדמית הרבה לפרסם מאמרים מעוררי מחלוקת בנושאי חברה ומדינה. כן כתב בנושאי יהדות וסוציאליזם. ידוע כחסיד גדול של יוסף חיים ברנר אך גם כבעל השקפת עולם רדיקאלית (מרכסיסטית). היה S.A.M בסנט אנטוני קולג' באוקספורד, ועמית אורח ב-LSE וב-SOAS בלונדון.
היה נשוי לנורית לבית יואל, בתם של ד"ר ארנסט יואל ואדית אופנהיימר, ואב לבן ובת. נפטר במאי 2020.
בעניין מאמרו על שמואל יבנאלי בספרו של זאב צחור (עורך), העלייה השנייה: מחקרים, מקורות, אישים, כרך ג, ירושלים: הוצאת יד יצחק בן-צבי, ירושלים, תשנ"ח-1997: