שמה של הרפובליקה נגזר מהמילה הלטינית cis לצד זה; הרפובליקה הציסלפינית הייתה אפוא הרפובליקה בצד זה של האלפים, מנקודת המבט האיטלקית. בחירת השם רמזה גם לשם הקדום גאליה קיסאלפינה עבור צפון איטליה לאורך נהר הפו.
נכון ל-1797, הרפובליקה הציסאלפינית כללה שטח של כ-42,500 קמ"ר עם 3.24 מיליון תושבים וחולקה ל-20 מחוזות. הבירה מילאנו, שלעיתים הייתה ביתם של עד 25,000 חיילים צרפתים כובשים, הייתה העיר המאוכלסת ביותר עם 124,000 תושבים, ואחריה בולוניה ופרארה. זו הייתה מדינה משגשגת מבחינה כלכלית שחייתה בעיקר מחקלאות, כמו גם מגידול בעלי חיים ותולעי משי. בנוסף, היו מלאכות מסורתיות ותעשיית המשי הגדלה, כמו גם מכירה של עץ מהרי האלפים ושיש מהרי האפנינים.
נפוליאון הופך לקונסול הראשון של הרפובליקה הציסאלפינית, 26 בינואר 1802
נפוליאון פיזר את המבנים המנהליים האוסטריים הקודמים והקים ממשל צבאי זמני, שהוטל עליו, בין היתר, להשיג מימון למלחמה. החוקה הראשונה פעלה על פי המודל של הרפובליקה הצרפתית, עם הנהלה בת חמישה חברים, שהוקמה כבר ב-1796 תחת הממשל הצבאי הצרפתי ונקראה דירקטורט, ובית מחוקקים של 240 חברים, הסנאט והמועצה הגדולה. עם זאת, הכוח העליון של המדינה נמצא אצל המפקד העליון הצרפתי בלומברדיה, נפוליאון בונפרטה.
היחסים בין הרפובליקה הציסאלפינית לשווייץ היו מתוחים בתחילה על ידי ניסיונות מתמידים של הרפובליקה הציסאלפינית לספח את השטחים השווייצרים דוברי האיטלקית בטיצ'ינו מדרום לאלפים. המטרה הייתה להקים מדינת לאום על פי המודל הצרפתי עם אותה שפה ותרבות. בין 1810 ל-1813, נפוליאון נתן לכוחות איטלקיים ולקציני מכס לכבוש את טיצ'ינו כדי להפסיק את הגדלת ההברחות והעריקות מהצבא.
כאשר מונה נפוליאון בונפרטה למלך איטליה ב-17 במרץ1805, הדגל הלאומי לא שונה. רק במלחמה וברוב הדגלים הצבאיים נוסף הסמל המלכותי בצד ההפוך. התנועה הלאומית האיטלקית של הריסורג'ימנטו, שצמחה בסביבות אמצע המאה ה-19, תפסה את הטריקולור של הרפובליקה הציסאלפינית והפכה אותו לדגל האיחוד של איטליה.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
