הפלוגות הדתיות במלחמת העצמאות אשר השתתפו במלחמת העצמאות, ראשיתן בשנות השלושים במסגרת ההגנה, ואחר כך בצה"ל. חיילי פלוגות אלה השתתפו בקרבות רבים בכל רחבי הארץ ורבים מהם נפלו.
בעיית גיוס צעירים להגנה העסיקה זמן ממושך את ראשי ההגנה וראשי הציבור הדתי. קשה היה לשלב חיילים דתיים המעוניינים להמשיך בשמירת חוקי הדת, בתוך מסגרת חילונית ועם זאת היו פזורים חיילים דתיים רבים ביחידות רבות. הפתרון הפשוט היה להקים פלוגות דתיות שיאפשרו לאנשיהם להשתתף בהגנת הארץ תוך שמירה על כללי הדת.
20 מלוחמי הפלוגה הוטסו לגוש עציון (המחלקה המוטסת) ו-16 מהם נפלו בקרב. ב-14 במרץ1948 הועברו רוב לוחמי הפלוגה לבן שמן הנצורה, שם הגנו על המקום עד להסרת המצור במבצע דני.
לאחר מכן הועברו לכפר ג'ימזו שם הדפו ב-12 ביולי1948 התקפה חזקה של הלגיון הירדני שניסה לכבוש בחזרה את הכפר ולהתקדם לעבר לוד. בהתקפה זו נפלו שניים מלוחמי הפלוגה ששמשו כצוות מקלע מעל אחד הבתים בג'ימזו ונהרגו מפגיעה ישירה של פגז. לזכרם הוקם מצפה בפסגת תל גמזו הנקרא "מצפה השניים". בסך הכל נפלו בקרבות 32 מלוחמי הפלוגה.
הפלוגה הדתית בפלמ"ח הייתה פלוגה ב' של הגדוד הראשון (גדוד העמק) בחטיבת יפתח. זאת הייתה פלוגה מוקטנת שכללה שתי מחלקות בלבד - המחלקה הדתית הוותיקה שהייתה מורכבת מלוחמים ותיקים מבני המשקים הדתיים וחברים עירוניים בהגנה וכן מחלקת "מקוואים" - בוגרי הסקטור הדתי במקוה ישראל. בקרב חירבת כוריכור נפלו 45 מלוחמי הפלוגה.
הפלוגה הדתית בחטיבת אלכסנדרוני הייתה פלוגה ג' בגדוד 33. במבצע חיסול לכיבוש עיראק אל-מנשייה נפלו 89 מלוחמי הפלוגה, גדוד 35 של האצ"ל וחטיבת אלכסנדרוני.
במהלך המלחמה התחולל משבר ממשלתי על רקע סירוב שני טבחים דתיים לבשל בשבת לפני יציאת יחידותיהם לקרב. הם הועמדו למשפט צבאי ונשלחו למאסר. שר הדתות הרב יהודה לייב פישמן מיימון התפטר בעקבות זאת מהממשלה הזמנית. לאחר זאת הוקמה ועדת שרים לענייני החייל הדתי. השרים הדתיים ואנשי הרבנות הראשית המליצו על ריכוז החיילים הדתיים בזרועות צה"ל השונות ביחידות דתיות כדי לא להעמיד אותם בפני ניסיונות קשים. גם שרי השמאל תמכו בכך וכוונתם הייתה כי בדרך זו "ישתחרר" צה"ל, שרובו חילוני, מהצורך לשמור על אורח חיים דתי בסיסי.
הרב שלמה גורן התנגד לכך בחריפות משום שרצה שלא ליצור "גטו" לחייל הדתי בצבא וסבר שמצב כזה יגרום לוויתור על חקיקה דתית וקביעת אורח חיים דתי מחייב בצבא כולו.
דוד בן-גוריון תמך בעמדתו של הרב גורן. החלטה זו סללה את הדרך לחקיקה דתית בצה"ל שבאה לידי ביטוי בפקודות מטכ"ל בנוגע לשמירת הדת והיו מכוונות לכלל החיילים ולא לדתיים בלבד.
הנצחה
ביער בן שמן - אנדרטת הנצחה ל-32 חללי הפלוגה הדתית של חי"ש תל אביב;
בפסגת תל גמזו - מצפור על שם שני לוחמי הפלוגה שנפלו שם בקרב עם הלגיון הירדני;
בשילת ומעל עמק איילון - אתר זיכרון לחללי הפלוגה הדתית של חטיבת יפתח שנפלו בקרב חירבת כוריכור;
בלפיד - בית הספר נקרא 'לפיד המ"ה' על שם 45 חללי הקרב בחירבת כוריכור;
בגן הבוטני במקווה ישראל - אנדרטה לבוגרי בית הספר שרובם נפלו בקרב חירבת כוריכור;
בקריית גת - אנדרטה גדולה ל-89 חללי הפלוגה הדתית של חטיבת אלכסנדרוני (אנדרטת הנרות) שנפלו בקרב על עיראק אל-מנשייה;
בקרית גת - הנצחה במקום שהיה קבר האחים של נופלי הפלוגה הדתית, גדוד 35 של האצ"ל וחטיבת אלכסנדרוני;
הסרט 'פלוגת האלוקים' - סיפורה של הפלוגה הדתית בחטיבת אלכסנדרוני.