המועצה לביטחון פנים (HSC) היא חלק במשרד ההנהלה של הנשיא, והיא הוקמה על ידי הקונגרס ב־2001, ובהמשך הורחבה על ידי צו נשיאותית לביטחון פנים. הוא שימש כממשיך דרכו של מחלקת ביטחון המולדת, שהוקמה ב-20 בספטמבר 2001, מיד לאחר פיגועי 11 בספטמבר. הקונגרס לאחר מכן חיקק את הקמת המועצה לביטחון המולדת בחוק ביטחון הפנים ב-2002, והטיל עליו ייעוץ לנשיא בענייני ביטחון פנים ואכיפה.
ב־23 בפברואר2009 פרסם ממשל אובמה את הנחיית המחקר הנשיאותית. תזכיר זה הורה על ביקורת בת 60 יום על ביטחון הפנים של הבית הלבן והמבנה נגד טרור. בבדיקה המליץ הנשיא למזג את הצוות התומך במועצה לביטחון המולדת עם הסגל התומך בהמועצה לביטחון לאומי. ב־26 במאי 2009 חתם ברק אובמה על ההמלצה למזג את המועצה לביטחון המולדת ואת המועצה לביטחון לאומי למועצת ביטחון לאומית אחת. ב-10 בפברואר2014 שם הנשיא אובמה את ראשות הביטחון הלאומי לסגל המועצה לביטחון לאומי.
קובעי המדיניות והמשקיפים התלבטו אם צוות המועצה צריכה להישאר ישות עצמאית בבית הלבן או להתמזג עם צוות להערכת המטרות, ההתחייבויות והסיכונים של ארצות הברית, והמלצות לנשיא ביחס למדיניות ביטחון פנים.
מבנה
ה-HSC היה דומה למקבילו בביטחון לאומי, המועצה לביטחון לאומי (NSC), שהוקמה בחוק הביטחון הלאומי משנת 1947. ה-HSC שמר גם על קווי דמיון מבניים עם ה-NSC; ה-HSC הורכב מצוות מן המניין המאורגן על ידי אזורי נושא הנוגעים למשימות לביטחון פנים, כאשר המועצה עצמה הורכבה מחברי הקבינט ובכירים בבית הלבן שלמחלקותיהם יש אינטרסים עיקריים בקביעת מדיניות האכיפה וביטחון הפנים. במהלך ממשל בוש עמד בראש המועצה היועץ לביטחון המולדת. המטות המשולבים מורכבים מהיועצים הצבאיים העיקריים של המועצה לביטחון פנים וכן מהמועצה לביטחון לאומי. עקב ההמלצות שביצע אובמה, במועצה לביטחון פנים ובמועצה לביטחון לאומי יש כעת צוות משולב, סגל הביטחון הלאומי (NSS).