בשנת 391 הרס תאופילוס (אנ'), הפטריארך של אלכסנדריה, את כל המקדשים הפגניים, כחלק מהשתלטותה של הנצרות על אלכסנדריה. היפאטיה הייתה עדה למאבק בין הפגנים והנוצרים המתונים לבין הנוצרים הדוגמטיים, שבו דרשו הנוצרים הדוגמטיים ביעור כל זכר לפגניות. היפאטיה עצמה הייתה פגנית, אך זכתה גם להערכתם של הנוצרים המתונים.
היפאטיה הורתה פילוסופיה ומתמטיקה באלכסנדריה. היא לא נישאה, ולהצעות הנישואים שקיבלה ענתה שהיא "מאורסת לאמת". סופר עליה כי דחתה מחזר על ידי הצגת מטפחת מוכתמת בדם וסת ובאומרה כי אין דבר יפה בתאוות בשר.[1]
בשנת 412 הגיע לאלכסנדריה פטריארך חדש בשם קירילוס, כשהוא נחוש בדעתו לבער את הפגניות והנאופלטוניזם מהעיר. השליט הרומאי של העיר היה אורסטס (אנ'), ובינו ובין קירילוס התנהל מאבק כוח על השליטה בעיר. היפאטיה, שהייתה ידידתו של אורסטס, עסקה בפילוסופיה והייתה פגנית, נקלעה למאבק זה. בשנת 415 נרצחה היפאטיה כחלק ממאבק הכוחות בין אורסטס וקירילוס.
חיבורו של סוקרטס מקונסטנטינופול נכתב מעט זמן לאחר מותה של היפאטיה ובו נטען שהיא נרצחה על ידי הנוצרים עקב חלקה במאבק בין המושל הרומי לבישוף. סוקרטס כותב שקבוצה של נוצרים שבראשה עומד אדם בשם פטר חטפו את היפאטיה, כדי למנוע ממנה לייעץ למושל הרומי ורצחו אותה. סוקרטס כותב שהם התעללו ורצחו אותה בעזרת צדפות (אבל הדעות חלוקות בקשר לכתוב מפני שהמילה צדפות ביוונית, שפת החיבור, יכולה להתפרש כרעפים) לאחר מכן הם כרתו את גפיה ולבסוף שרפו שרידי גופתה. מותה על פי סוקרטס עורר זעם ופרעות בנוצרים על ידי האוכלוסייה הלא נוצרית של אלכסנדריה.
חיבורו של יוחנן מניקיו נכתב זמן רב לאחר הרצח (ב-650 לספירה) ובו המחבר מבצע דמוניזציה למושל הרומי ולהיפאטיה. הוא מתאר את היפאטיה כעוסקת בכישוף וזימון שדים. לפי חיבור זה היפאטיה נגררה על ידי המון נוצרי זועם, כתגובה לפרעות באוכלוסייה הנוצרית שהיא והמושל הרומי עודדו, ברחבי אלכסנדריה עד שמתה. החיבור הזה הוא פחות אמין ופחות מדויק[דרוש מקור].
במאות ה-18 וה-19 נחשב מותה של היפאטיה כמסמל את סוף תקופת הזוהר של המתמטיקה, הפילוסופיה והמדע היווני.
דמותה, ומותה הטראגי, שבו את דמיונם של היסטוריונים וסופרים מן העולם העתיק ועד לימינו. במיוחד נעשה שימוש בסיפור כדי לתקוף את הכנסייה הנוצרית. במאה ה-18 כתב הוגה-הדעות האירי, ג'ון טולנד, מאמר התקפה חריף כנגד הכנסייה הקתולית, המתבסס כולו על סיפור רציחתה של היפאטיה.
צ'ארלס קינגסלי האנגלי חיבר בשנת 1853 ביוגרפיה בשם "היפאטיה", המספרת את תולדות חייה.
הסופר והחוקר המצרי יוסף זיידאן פרסם ב-2008 רומן היסטורי בשם "עזאזל" (Azazīl), שבו הוא מתאר את הסכסוכים הדתיים של התקופה. חלק נכבד מן הספר מוקדש לסיפורה של היפאטיה. הספר הותקף על ידי חוגים נוצריים.
בשנת 2009 יצא לאקרנים הסרט אגורא שמספר בחירות יצירתית את סיפורה (בכיכובה של רייצ'ל וייס).
