מקורה של האקדמיה הצרפתית למדעים בתוכניתו של קולבר להקמת אקדמיה כללית. קולבר בחר בקבוצת משכילים מצומצמת אשר נפגשו ב-22 בדצמבר1666 בספרייה של המלך, ולאחר מכן ערכו מפגשי עבודה דו שבועיים במקום. 30 שנותיה הראשונות של האקדמיה היו לא רשמיות יחסית, מאחר שלא נקבעו חוקים למוסד.
ב-20 בינואר1699 לואי הארבעה עשר החליט על חוקיו הראשונים של הארגון. לארגון הוענק השם האקדמיה המלכותית למדעים ומיקומה נקבע בלובר שבפריז. ב-8 באוגוסט1793 ביטל הקונוונט את כל האקדמיות. ב-22 באוגוסט 1795 נוסד המכון הלאומי למדעים ולאמנויות, שאיגד את האקדמיות למדעים, לספרות ולאמנות שהתקיימו קודם לכן, ובהן האקדמיה הצרפתית והאקדמיה הצרפתית למדעים. כמעט כל החברים באקדמיה שבוטלה לפני כן, נבחרו באופן רשמי מחדש ושבו לכיסאותיהם הקודמים. בין היוצאים מהכלל היה ז'אן-דומיניק דה קאסיני שסירב לשוב לכיסאו. ב-1816 נקרא הארגון מחדש "האקדמיה המלכותית למדעים" והוא זכה לאוטונומיה, תוך שהוא מהווה חלק מהמכון של צרפת.
