אלוני הוא בוגר בית הספר לקציני ים בעכו, והפליג בסיום לימודיו וטרם גיוסו לצה"ל כצוער באוניות צי הסוחר. סיים את קורס החובלים של חיל הים בהצטיינות ביוני 1973, ושירת כעשרים ושלוש שנים בחיל הים. תפקידו הראשון היה קצין באח"י קשת, כחלק מצוות הקליטה של ספינות סער 4 החדשות. השתתף בקרב דמייט במלחמת יום הכיפורים. בהמשך שירת במגוון תפקידי פיקוד; כמפקד פלגה השתתף במבצע לכידתו של בכיר בכוח 17 תוך כדי השתלטות על ספינה בה שהה, במבצע משה להעלאת יהודי אתיופיה ובמבצעים להברחת יהודים מסוריה. שירת כמפקד בה"ד חיל הים. השתחרר משירות קבע בדרגת אלוף-משנה.
משנת 2005 עד שנת 2018 היה ראש המועצה המקומית כפר שמריהו. במהלך שתי מערכות בחירות, בנובמבר 2008 ובאוקטובר 2013 היה אלוני המועמד היחיד לתפקיד ראש המועצה המקומית והעמיד רשימה מוסכמת, דבר שייתר את הצורך בבחירות.
ב-12 יוני 2019 נדחתה תביעת לשון הרע שהגיש אלוני על סך 75 אש"ח כנגד העיתונאי צבי אייל[1] בעקבות פרסום ידיעה שבה נכתב: "לקראת הבחירות לראשות מועצת כפר שמריהו אומרים בכפר כי מול נושא אחד קיימת הסכמה בין המועמדים לבין התושבים בכפר, יש להחליף את ראש המועצה הקיים דרור אלוני שנכשל בתפקידו וגם ואינו מתמודד". התביעה נדחתה על ידי בית המשפט לאחר הסכמה כי הנתבע יפרסם במקומון: "מובהר כי הדברים משקפים את עמדתו של עורך העיתון מר צבי אייל בלבד, ואין מדובר בדברים שהובאו מפי המועמדים בבחירות"[2]. בא כח הנתבע טען, כי מבקר המועצה קבע כי היו כשלים בתפקוד ראש המועצה היוצא וכן טען כי העיתונאי הנתבע פעל במסגרת סיקור עיתונאי הוגן[3].
בדוח של מבקר מועצת כפר שמריהו, נמתחה עליו ביקורת, לפיו תכנון תקציבי לוקה שהוביל, גרם להפרש של 21 מיליון שקל, בין התחזית שהציג לבין המצב בסוף שנת 2018[4].
בשנת 2008 הקים אלוני, בשיתוף עם יזמים אחרים, "בית ספר למנהיגות ותרבות" שמכונה "חברותא" במדרשת רופין. שכר הלימוד בבית הספר נחשב גבוה במיוחד, אך אחוז נכבד של התלמידים מקבלים מלגת לימודים. כנגד בית הספר הועלו טענות בדבר חינוך משופר לעשירים בלבד.[5] כמו כן הסתבר כי תוצאות בחינות הבגרות של התלמידים במחזורים הראשונים היו נמוכות מאוד.[6]
