כמאמן ראשי, הוביל את עירוני קריית שמונה לזכייה בגביע המדינה ב-2014. אחר כך, הוביל את הפועל באר שבע לשלוש אליפויות רצופות וכך עשה גם במכבי חיפה, שבהנהגתו אף העפילה האחרונה ב-2022 לשלב הבתים היוקרתי של ליגת האלופות של אופ"א. בזכות הישגיו, בכר נחשב לאחד ממאמני הכדורגל הישראלים המצליחים בכל הזמנים.
קריירה
ככדורגלן
בכר החל לשחק כדורגל בגיל 14 במחלקת הנוער של מ.כ. נווה יוסף. בעונת 1998/1999 החל את קריירת הבוגרים בהכח רמת גן, במדיה שיחק ארבע עונות, במהלכן זכה בגביע הטוטו של ליגת המשנה. בעונת 2002/2003 חתם בהפועל פתח תקווה מליגת העל, במדיה שיחק שתי עונות, במהלכן ערך 50 הופעות.
בעונת 2004/2005 חתם בכר בעירוני קריית שמונה מהליגה הלאומית. בעונת 2006/2007 סייע לקריית שמונה לזכות בגביע הטוטו של ליגת המשנה ולעלות לליגה העל לראשונה בהיסטוריה. בעונת 2010/2011 שיחק במדי הקבוצה בליגת העל וזכה עמה בגביע הטוטו, ובסיום העונה הודיע על פרישה ממשחק פעיל. בסך הכל ערך בכר 156 הופעות ב-7 העונות בקרית שמונה, כשבמהלכן כבש שני שערים.
את עונת 2011/2012 החל בכר כעוזר המאמן של רן בן שמעון בקבוצה הבוגרת של עירוני קריית שמונה, ובהמשך העונה מונה גם למאמן קבוצת הנוער שלה[2]. בסוף אותה עונה זכתה הקבוצה הבוגרת באליפות ראשונה בתולדותיה.
בעונת 2012/2013 המשיך רק בקבוצה הבוגרת כעוזרו של גילי לנדאו, אך עם פיטוריו של לנדאו לאחר המחזור החמישי בליגה מונה בכר למאמן הראשי של עירוני קריית שמונה. בהמשך העונה העפיל עם הקבוצה לגמר גביע המדינה מול הפועל רמת גן אך הפסיד בפנדלים 2–4, ובעונת 2013/2014 זכה עם הקבוצה בגביע, לאחר ניצחון 1–0 במשחק הגמר על מכבי נתניה. לקראת סיום עונת 2014/2015 פוטר בכר מתפקידו לאחר שניהל משא ומתן על מנת לחתום בקבוצת הפועל באר שבע[3].
הפועל באר שבע
ב-24 במאי2015, לקראת עונת 2015/2016, חתם בכר בהפועל באר שבע. במאי 2016 זכה עם הקבוצה באליפות ראשונה לאחר 40 שנה, כשהוא המאמן הצעיר ביותר שזוכה בתואר מזה 37 שנים, מאז הוביל ניסים בכר את מכבי תל אביב לאליפות בעונת 1978/1979. בעונת 2016/2017 זכה עם הפועל באר שבע בתואר אלוף האלופים לאחר ניצחון 4–2 על מחזיקת הגביע מכבי חיפה[4]. בעונה זו התמודד עם באר שבע במוקדמות ליגת האלופות, ובשלב הפלייאוף הודחה הקבוצה מול סלטיק וכתוצאה מכך נשרה לשלב הבתים של הליגה האירופית, אותו סיימה הקבוצה במקום השני והעפילה לשלב 32 האחרונות. ב-28 בדצמבר 2016 זכה בכר עם הפועל באר שבע בגביע הטוטו לאחר ניצחון 4–1 על עירוני קריית שמונה במשחק הגמר[5].
במאי 2017 הוביל בכר את הפועל באר שבע לזכייה שנייה ברציפות באליפות. ביוני 2017 בחר בו המגזין האנגלי "FourFourTwo" במקום ה-46 מבין 50 מאמני הכדורגל הטובים בעולם לשנת 2017[6][7].
בעונת 2017/2018 הוביל את הקבוצה לזכייה באליפות שלישית ברציפות, והפך למאמן השני הכי צעיר שזוכה בשלוש אליפויות, שני רק למשה פוליאקוב שעשה זאת בעודו בן 28 בשנת 1938[8].
ב-6 בינואר2020 התפטר מתפקידו לאחר שהקבוצה הפסידה 0–1 להפועל תל אביב, צברה רק 29 נקודות מתוך 51 אפשריות והייתה במקום הרביעי. הוא ניהל 161 משחקים במדי הקבוצה, זכה ב-99 ניצחונות, סיים 35 משחקים בתיקו והפסיד ב-27 מקרים, כשהוא זוכה ב-68.7% הצלחה[9].
בעונת 2020/2021, הגיעה הקבוצה בהדרכתו של בכר עד לשלב הפלייאוף בליגה האירופית, כאשר היא מדיחה בדרך קבוצה דוגמת רוסטוב הרוסית. בשלב הפלייאוף ספגה הקבוצה את התבוסה הגדולה בתולדותיה במפעל אירופי כשהפסידה 2–7 לטוטנהאם הוטספר מהפרמייר ליג והודחה מהמפעל[12]. באותה העונה, עונת 2020/2021, זכה עם הקבוצה באליפות ליגת העל לאחר 10 שנים בהן הקבוצה לא הצליחה לזכות בתואר[13].
ב-8 ביוני 2021 האריך בכר את חוזהו במועדון בעונה נוספת[14]. את עונת 2021/2022, פתחה הקבוצה עם הדחה ממוקדמות ליגת האלופות מול קאיראט אלמטי. שבועיים לאחר מכן היא זכתה בתואר אלוף האלופים הרביעי בהיסטוריה שלה אחרי ניצחון של 2–0 על מכבי תל אביב זוכת גביע המדינה ויריבתה הישירה לאליפות דאשתקד. אף על פי שהודחה מוקדם במוקדמות ליגת האלופות, נשרה מכבי חיפה לקונפרנס ליג, בה העפילה לשלב הבתים לאחר שגברה בשלב הפלייאוף על נפטצ'י באקו.
ב-19 בינואר 2022 האריך את חוזהו במועדון בשנתיים נוספות[15].
ביולי 2022 רשם עם הקבוצה ניצחון יוקרתי במסגרת מוקדמות ליגת האלופות, כשניצחה 4–0 את אולמפיאקוס במשחק החוץ, ועלתה שלב לאחר 1–1 במשחק הראשון[16]. בשלב הפלייאוף גברה על הכוכב האדום בלגרד 5–4 בסיכום שני המשחקים, והעפילה לשלב הבתים בפעם השלישית בתולדותיה, יותר מכל קבוצה בישראל. ב-12 באוקטובר2022 השיג ניצחון בכורה כמאמן בשלב הבתים בליגת האלופות, בניצחון 2–0 על יובנטוס.
בעונת 2022/2023 בליגת העל בכדורגל זכה עם מכבי חיפה באליפות שלישית ברציפות, שישית שלו ו-15 של המועדון. ובכך הגיע לשיא של דרור קשטן ודוד שווייצר שהשיגו שש אליפויות כמאמנים בליגה הראשונה בישראל. בכר הגיע להישג זה בגיל הצעיר ביותר.
בכר החל שירות בצה"ל, אך שוחרר בטרם עת, לאחר שריצה עונש של 70 ימי מחבוש בכלא צבאי[22]. על נסיבות שחרורו מצה"ל סיפר: "אם לא הייתי משתחרר מהצבא בזמנו לא הייתי היום שחקן כדורגל. שובצתי ליחידה קרבית בחיל השריון וביקשתי בבקו"ם שיעבירו אותי לטירונות 02 ולעשות שירות של ספורטאי, אבל לא היה עם מי לדבר, לכן לא נותרה לי ברירה"[20]. ב-2017 בכר גויס לשירות מילואים במחלקת כושר קרבי בצה"ל, לפרויקט של חינוך לספורט[23]. ב-2020 על אף שבכר כבר היה משרת מילואים פעיל, נטען שעדיין נמנע מינויו כמאמן נבחרת ישראל עקב שירותו הסדיר[24].