הוא עלה על האנייה Marine Carp ביחד עם קבוצה גדולה של מתנדבים יהודים וסטודנטים מארץ ישראל שרצו לחזור ארצה. בין החוזרים היה גם שבתאי טבת שהמליץ לו לעברת את שמו לאלי אילן.
מיד לאחר ששוחרר מצה"ל היה ממייסדי קיבוץ סאסא ב-1949. בקיבוץ התעניין בארכאולוגיה. הוא נרשם כסטודנט חוץ ללימודי ארכאולוגיה פרה-היסטורית אצל פרופ' משה שטקליס ויגאל ידין. הוא הקים את האוסף הארכאולוגי בקיבוצו.
באותה תקופה החל לצייר ואחר כך לפסל. כשהקיבוץ הצר את צעדיו הוא עזב אותו ב-1956. כדי לפרנס את משפחתו התגייס למשטרת ישראל למחלקה לזיהוי פלילי. הוא נשלח על ידי המשטרה לקנדה ללימודים בבית הספר של המשטרה הרכובה המלכותית של קנדה. באותה תקופה למד בטורונטו ב-Toronto College of Art. לאחר חזרתו ארצה ב-1959, המשיך לעבוד במשטרה והתמחה בזיהוי פלילי. גולת עבודתו במשטרה הייתה זיהויו של אדולף אייכמן. הוא קיבל תמונות של אייכמן שצולמו בנסתר על ידי סוכני המוסד בבואנוס איירס והוטל עליו להשוות אותן עם תמונות של אייכמן בתקופה שהיה באס אס. לאחר בדיקות הצילומים חיבר אילן דו"ח ובו קבע כי בסבירות כמעט וודאית המדובר באייכמן. קביעה זו זירזה את תהליך לכידת אדולף אייכמן[1]. באותה תקופה התגורר בדירת סטודיו קטנה בבת ים והמשיך לפסל.
ב-1963 החליט לעזוב את המשטרה ולהתמקד בפיסול. הוא התפטר בדרגת פקד. מיתון 1966 בישראל פגע גם באמנים ולפרנסתו עבד בעבודות מזדמנות. הוא שיפץ חורבה ביפו העתיקה ובנה שם דירה וסטודיו. עם הבום הכלכלי לאחר מלחמת ששת הימים השתפר מצבו. הוא החל להציג בתערוכות בישראל ומחוצה לה ופסלים רבים שלו הוצבו בישראל ובארצות שונות[2].
הפסל החשוב שלו בישראל נקרא מלחמת בני אור בבני חושך באנדרטה לזכר י"א הספורטאים שנרצחו באולימפיאדת מינכן ב-1972. מדי שנה סמוך ליום הטבח נערכת עצרת זיכרון ליד האנדרטה בתל אביב וכן נערך שם טקס של ספורטאים לפני צאתם למשחקים האולימפיים.
ב-1980 רכש בית וסטודיו בקיסריה אך לא הספיק ליהנות ממנו. שם נפטר בגיל 54 מהתקף לב.הובא למנוחות בבית העלמין קריית שאול בתל אביב .
רבות מיצירותיו של אילן מורכבות משני חלקים. חלקים אלו הם אוטונומיים ונפרדים או שנוצקו בגוש אחד, אך הם בעלי זהות אינדיבידואלית ונפרדת. זהות זו ניכרת על פי כיווני זרימתם, הטקסטורה שלהם, מיקוד עוצמתם וחדירתם זה אל זה (או נסיגתם זה מתוך זה). שני החלקים נמצאים בקומפוזיציה דו-משמעית: מחד - עימות, חדירה הדדית, תוקפנות ופלישה. מאידך - שני החלקים מגיעים, מכוח תנופתם, לחבירה-חביקה הדוקה, להשלמה הדדית. המתח בין האנושי והטבעי, בין הקונקרטי והאידיאי, בין השַלֵו והסוער, בין היציב והדינמי, הקנה ליצירתו כוח חבוי, עוצמה מתפרצת וגועשת שכביכול קפאה בעת שהגיעה לשיא מיצויה. במקביל ביטא אילן מתחים וסערות אלו גם ביצירותיו המונוליטיות, אליהן משתייך פסלו "אחרון" (אולטימה; ברונזה, 1982) המוצב ביד ושם, בגן הפסלים.
זיקתו של אילן לגוף האדם ועיונו באנטומיה התבטאו בעיסוקו המוקדם בחפירות ארכאולוגיות ובעיסוקו כחוקר במשטרת ישראל בתחום הזיהוי הפלילי, דרך תצלומים, גולגולות ושלדים, עיסוק אותו למד עוד בנעוריו בקנדה. כדי לתת ביטוי למתח בין פיגורטיביות והפשטה, הסתייע אילן במומחיותו זו. ההפשטה סייעה לו לבטא בחֵרות רבה יותר את היכולות הטכניות המשוכללות שלו, שהתבטאו בהמחשת המתח בין דינמיות זורמת לבין עוצמה קפואה. כל זאת, תוך כדי הסתייעות בחללים שסביבם מתגבשות שתי נטיות אלו. בפסליו המונוליטיים ניכר כי הם עוצבו בזיקה לפסליו של הנרי מור. סביב החללים מתגבשות שתי הנטיות לכדי שלמות הרמונית. עם זאת, נשמר המתח המתמיד בין שני סוגי העוצמות, הקפואה והדינמית, מתח שכביכול עוּצַב, נוֹצַק ושוּמַר. ואכן, אילן לא תכנן את פסליו באמצעות מודלים מוקדמים או סקיצות; הוא עבד "מהבטן", עבד על החומר במישרין.
"אחרון", פסלו האחרון של אילן, היה הפסל הראשון שהוצב באתר ציבורי לאחר מותו של אילן. הוא הוצב ביד ושם שנה לאחר יציקתו, ושנה לאחר פטירתו של אילן, ב-1983. "אחרון" מבטא התכנסות שיש בה משום השלמה, ויתור, כניעה. מאידך, התכנסות זו היא מסיבית, דינמית ובעלת עוצמה פנימית וזרימה בלתי מתפשרת, מתריסה-כביכול.
לאילן לא היה קשר ישיר לשואה, אך בתקופת חייו המאוחרת הקדיש לה מחשבה יותר מאי-פעם בחייו. בפסל "אחרון" ניסה אילן להעביר את דמות הגווע האוניברסלית, דמות מכונסת סביב עצמה, דמות שהאבדנים סביבה היוו רק הקדמה לאבדנה-שלה, שהרי כל אחרון מעיד, בעצם "אחרוניותו", על גוויעת כל קודמיו. מותו אינו מוות של גבורה והתרסה, אלא מוות חסר אונים, חסר עזרה וחסר לקח. ואולי דווקא בתיאור אופן מוות שכזה, טמונה ומתבטאת התרסה עזה.
