האיגוד הוקם בשנת 1992. חברות באיגוד 15 רשויות מקומיות יהודיות: 11 - מועצות מקומיות, 3 - מועצות אזוריות ועירייה אחת - עיריית אריאל, סך הכול כמאה יישובים, כולם התנחלויות.
תחומי הפעילות של האיגוד: מנהל סביבתי, מניעת מטרדים בתעשייה, תכנון אזורי סביבתי, פסולת מוצקה ומיחזור, איכות מים ושפכים, רישוי עסקים, חינוך סביבתי והסברה, תלונות הציבור, חומרים מסוכנים, מניעת רעש וזיהום אוויר, אקולוגיה כפרית וניהול מיזמים ופתרונות לשפכים ולפסולת.
האיגוד מודע לייחודו באשר לטיפול בבעיות הנוצרות מקיומם של היישובים הערביים לצד ההתנחלויות היהודיות, כאשר על היישובים הערביים חל שילוב בין ממשל צבאי ומנהל אזרחי ישראלי ובין חקיקה שמקורה ברשות הפלסטינית, בעוד שעל ההתנחלויות חל הדין הישראלי. כאשר שני סוגי היישובים פועלים באותה סביבה צצות בעיות ויש חוסר תיאום. בין הנושאים שטיפל בהם האיגוד היו אלה הקשורים בשיקום נחל קנה, ניטור האוויר באריאל ומחזור השפכים.
שיקום נחל קנה
הנחל שימש לקליטת שפכים של חמש רשויות מקומיות ביהודה ושומרון. בשנת 2005 הסתיים הקמת מאסף ביוב המוביל את כל השפכים לטיפול בדרום השרון. שם הוקם מכון טיהור שפכים שמאפשר השבה של מי השפכים לשימוש. המים המטוהרים משמשים בעיקר לחקלאות.
לאחר הפעלת המאסף נעשו פעולות לשיקום הנחל: ניקוי שבילים, שיקום הטרסות וניקוי המעיינות.
לפי דו"ח נציבות המים משנת 2006 ל-78% מההתנחלות הישראלית ביהודה ושומרון יש פתרונות למניעת זיהום משפכים.
ניטור אוויר באריאל
ממצאים מוקדמים הביאו לידי ההשערה כי בתנאי מזג אוויר נתונים מגיע להר שומרון זיהום אוויר. תחנת הניטור שהוקמה באריאל הוקמה לשם ביצוע המעקב. המדידות שמתבצעות מציגות את איכות האוויר באזור ההר באופן רציף. (התחנה המקבילה ביהודה נמצאת באלון שבות). נמצא כי איכות האוויר טובה ביחס לאזורים אחרים בשפלת החוף.
האיגוד עוסק גם במחזור השפכים של אזור התעשייה בברקן. הוכשר שטח אדמה שבו נטעו אקליפטוסים המושקים במי קולחין של אזור התעשייה וזאת לאחר שהמים עוברים טיהור למניעת זיהום הקרקע.
האיגוד מקיים פעולות חינוכיות באמצעות הרשויות המקומיות של האזור. כן הפיק בשנת 2008 חוברת על הקשר בין שנת השמיטה לבין איכות הסביבה.
