מסר היה יועצו, חברו ואיש סודו של אהוד אולמרט לאורך דרכו הפוליטית. בשנת 1992 היה ממנהלי הקמפיין לבחירת אולמרט לראשות עיריית ירושלים, שהוביל לזכייתו של אולמרט. עם מינויו של אולמרט לתפקיד ממלא מקום ראש הממשלה, היה מסר חבר בפורום יועציו, יחד עם אורי שני וטל זילברשטיין.
מסר שימש במספר תפקידים ציבוריים ובהם חבר בהנהלת קבוצת הפועל ירושלים, יו"ר בית הספר מוסררה לצילום וממנהלי עמותת "התקווה" לסיוע לנזקקים.
חשדות לגבי מעורבות בפלילים
בשנת 2008 נקשר שמו לפרשת מעטפות הכסף - פרשיית שחיתות שבה, על פי החשדות, סייע מסר ושימש כמתווך בהעברת כספים שלא כדין מאיש העסקים משה טלנסקי עבור אהוד אולמרט בתקופות שבהן כיהן כראש עיריית ירושלים, וכשר התמ"ת. קודם לחשיפת שמות המעורבים בפרשה, פורסם בתקשורת הישראלית תצלום בו נראה מסר משוטט באמצע נתיבי איילון[1]. ביולי 2012 זיכה בית המשפט המחוזי את אולמרט מההאשמות נגדו בפרשה זו, אולם לבסוף הורשע בערעור ונדון למאסר של 8 חודשים.
באפריל 2010 התפרסם כי מסר נעצר בחשד למעורבות בפרשת שוחד הקשורה לפרויקט הולילנד, הפרשה הוגדרה על ידי שופט בית המשפט בראשון לציון "החמורה בתולדות ישראל"[2]. בנובמבר הודיעה פרקליטות מחוז ירושלים על סגירת התיק מחוסר ראיות[3].
