מתחם בית הספר לרפואה STOVIA במהלך שנות ה-20, המתחם מורכב מבניינים הידועים כיום בתור הפקולטה לרפואה של Universitas Indonesia (למעלה) ובית החולים Cipto Mangunkusumo (במרכז).
המוסד הוקם על ידי השלטון הקולוניאלי ההולנדי ב-1851.כבית ספר להכשרת עוזרים רפואיים. ההכשרה נמשכה שנתיים, והבוגרים הוסמכו להעניק טיפולים רפואיים בסיסיים. בשנים שלאחר מכן ההסמכה הורחבה וההכשרה הוארכה בשנה נוספת. עד 1875 הוארכה תוכנית הלימודים לשבע שנים והבוגרים היו זכאים לתואר דוקטור ברפואה.[6]
בתחילת המאה ה-20 הלימודים ארכו כבר תשע שנים והיו שילוב בין לימודי תיכון להשכלה אקדמית. רבים מבוגרי בית הספר מילאו מאוחר יותר תפקידים חשובים בתנועה הלאומית האינדונזית ובפיתוח החינוך הרפואי במדינה. [7]
בשנת 1924 החליטה הממשלה הקולוניאלית לפתוח אקדמיה להכשרת קצינים ואנשי השירות הציבורי. בשנים שלאחר מכן נפתחה פקולטה למשפטים.
לאחר שקיבלה אינדונזיה עצמאות, הוקם בג'קרטה המכון האינדונזי להשכלה גבוהה (BPTRI) המורכב משלוש פקולטות: רפואה ורוקחות, ספרות ומשפטים. באותה השנה התחילו את לימודיהם כ-90 סטודנטים לרפואה. האוניברסיטה האינדונזית הוקמה ב-1950.
עד 1950, UI הייתה אוניברסיטה מרובת קמפוסים, עם פקולטות בג'קרטה (רפואה, משפטים וספרות), בוגור (אגרונומיה ורפואה וטרינרית), באנדונג (הנדסה, מתמטיקה ומדעי הטבע), סורבאיה (רפואה ורפואת שיניים), ומקאסאר (כלכלה ומשפטים).
ב-1987 הוקם הקמפוס בעיר דפוק.[6] בשנים 2007–2008 עברה האוניברסיטה רפורמה משמעותית. ההכנסות הוכפלו ופורסמו מחקרים רבים יותר.