סקורצני נולד בווינה, אוסטריה, למשפחה עם מקורות פולניים. במהלך לימודיו באוניברסיטה עסק בסיף ומאחד הקרבות בהם נפצע נותר בפניו סימן ההיכר שלו: צלקת סיף עמוקה ובולטת על לחיו השמאלית.[1] במאי 1932 הצטרף למפלגה הנאצית האוסטרית, ולטענתו הציל את הנשיא וילהלם מיקלס מהתנקשות של נאצים בזמן האנשלוס. נטען כי סקורצני השתתף בליל הבדולח בווינה, והוביל חוליה ששרפה בית כנסת ברובע התשיעי.[דרוש מקור]
פעולתו המפורסמת ביותר הייתה פשיטת גראן סאסו לחילוץ הדיקטטור האיטלקי בניטו מוסוליני מכלאו לאחר שהודח. סקורצני הצטרף לכוח פשיטה של צנחנים גרמניים בספטמבר 1943, במבצע מוטס ראשון מסוגו שבו נחת הכוח הגרמני בדאוני הסתערות על פסגת הר גבוה שם היה מוסוליני כלוא תחת שמירה כבדה. כהוקרה על המבצע המוצלח עוטר בצלב האבירים של צלב הברזל[2].
במבצע לחילוץ מוסוליני היה סקורצני בדרגה מקבילה לסרן, ובזכות הצלחותיו במבצע זה ובמבצעים נוספים של יחידתו, שהפכו אותו לחביבו של היטלר, הוא זכה בסוף המלחמה לדרגת אוברשטורמבאנפיהרר (מקבילה לסגן-אלוף). יחידת הקומנדו שלו הורחבה לכדי חטיבת כוחות מיוחדים, שכללה גם יחידה גדולה של חיילים דוברי שפות זרות שאומנו ללחימה בשטחי אויב תוך התחזות לחיילי האויב, וכן יחידת הקומנדו הימי הגרמני, ועוד.
במבצע נוסף בפיקודו הוא הצליח להשליט את מרותה של גרמניה על הונגריה הסוררת: באוגוסט1944, כשהדיח שליט הונגריה מיקלוש הורטי את ממשלת הבובות הפרו-גרמנית וביקש לנהל משא ומתן עם ברית המועצות להפסקת הלחימה, נחטף בנו של הורטי על ידי יחידתו של סקורצני, והורטי אולץ להתפטר מתפקידו כעוצר ב-15 באוקטובר 1944[3].
אחרי המלחמה הואשם סקורצני במשפטי דכאו בפשעי מלחמה בשל מבצע שבו התחזו אנשיו לחיילים אמריקנים בעת הקרב על הבליטה, אך זוכה מאשמה לאחר שקצין מקביל לו בכוחות המיוחדים הבריטיים העיד לטובתו שבעלות הברית השתמשו בשיטות דומות[4]. בעודו במעצר הצליח להימלט, כנראה בסיועם של אנשי אס אס לשעבר שהיו מחופשים במדי המשטרה הצבאית האמריקנית. מאוחר יותר טען שהדבר התאפשר בשיתוף פעולה עם שירותי המודיעין האמריקניים.
לאחר בריחתו השתקע בספרד בחסות משטרו של פרנקו וחזר למקצועו האזרחי מלפני המלחמה - מהנדס בניין. הוא הקים חברה משגשגת, כשבמקביל היה מעורב בסחר נשק וכן בארגון "אודסה", שסייע לפושעים נאצים נמלטים. תקופה מסוימת שהה בארגנטינה וחבר למשטר של חואן פרון ואשתו אווה פרון, עמה קשר קשרים הדוקים. בפועל הוא עסק בייעוץ בנושאי חקירות ומודיעין, וכן באימון והדרכת המשטרה המקומית. ב-1966 היה שותף להקמתו של ארגון ספרדי בעל נטיות נאו-נאציות בשם CEDADE.
בהמשך עלה שמו כיועץ צבאי במצרים למשטרו של מוחמד נגיב והקולונל נאצר. שם עסק, ביחד עם קצינים נאצים לשעבר אחרים, באימון צבא מתנדבים ערבי בלוחמת גרילה כשיעדם המתוכנן היו הכוחות הבריטיים באזור תעלת סואץ. כמו כן אימנו והכשירו פליטים פלסטינים לפעול כפדאיון, בהסתננות לישראל למטרות חבלה מתוך רצועת עזה, בשנים 1953–1954. אחד הפלסטינים עמם קשר יחסי ידידות ממושכים היה יאסר ערפאת הצעיר.
ב-1964 גויס סקורצֵני על ידי אברהם אחיטוב ורפי איתן לשרת את "המוסד" במסגרת "מבצע עומר". עזרתו הייתה נחוצה לאיתור המדענים הגרמנים שעסקו בפיתוח טילים עבור מצרים שהיוו איום על ישראל[5][6]. לאחר מבצע חטיפת אדולף אייכמן חשש סקורצני, כמו נאצים רבים אחרים, מגורל דומה, ושיתוף הפעולה איתו הותנה בהבטחה מצד ראש ממשלת ישראל ש"המוסד" לא יפגע בו לרעה[7]. סקורצני יצר עבור המוסד שורה של קשרים, בזכותם גויסו כמה סוכנים שהשתתפו בפרויקט הטילים הגרמני במצרים[8]. כך נפרס לעיני ישראל כל מערך המדענים הגרמנים, ובהמשך סוכל פרויקט הטילים באמצעים מדיניים, לאחר שהפרטים הוצגו במלואם לפרנץ יוזף שטראוס, שר ההגנה של מערב גרמניה.
