אגון שילה נולד בעיר טולן אשר באוסטריה תחתית (אז חלק מהאימפריה האוסטרו-הונגרית), על גדות הדנובה, מצפון מערב לווינה. אביו אדולף היה מנהל תחנת הרכבת המקומית, ומוצאה של אמו מארי היה מבוהמיה. כילד התחנך בבית ספר שנוהל בידי המנזר הנודע בעיר הסמוכה קלוסטרנויבורג, שבו זיהה המורה שלו לאמנות את כישרונו וטיפח אותו.
כשהיה שילה בן 15, מת אביו ממחלת הסיפיליס, ואחי אימו התמנה לאפוטרופסו. דודו הוטרד מחוסר העניין של שילה בלימודים אקדמיים, אבל זיהה את אהבתו לאמנות ואת כישרונו. בשנת 1906 התקבל לבית הספר לאמנות שימושית (Kunstgewerbeschule) בווינה, שבה למד לפנים גוסטב קלימט. במהלך שנתו הראשונה שם, נשלח בעצת כמה ממוריו לבית הספר המסורתי יותר לאמנות - האקדמיה לאמנות חזותית. שם למד שילה ציור ואיור, אבל נואש מהשמרנות של מקום לימודיו.
בשנת 1907 ביקש שילה להיפגש עם קלימט, המבוגר יותר, שנהג לתמוך באמנים צעירים יותר ולעודדם. קלימט התעניין בשילה המוכשר, קנה כמה מציוריו או שהחליפם בתמורה לציוריו שלו, הפגישו עם פטרונים אפשריים וארגן לו מודלים לציור בעירום. הוא גם הכיר את שילה לחברי הסדנאות הווינאיות, שבהן תורגמו העקרונות האמנותיים של "הזצסיון הווינאי" לאמנות שימושית. בשנת 1908 הציג שילה בקלוסטרנויבורג שמצפון לווינה את תערוכתו הראשונה. כעבור שנה פרש מן האקדמיה לאמנות חזותית לאחר שהשלים שלוש שנות לימוד בה, והקים את "קבוצת האמנות החדשה" (Neukunstgruppe) ביחד עם סטודנטים מתוסכלים אחרים.
קלימט הזמין את שילה להציג כמה מעבודותיו בתערוכת האמנות Kunstschau בווינה, בשנת 1909, שבה הוצגו בין השאר עבודותיהם של אדוורד מונק, יאן טורופ ווינסנט ואן גוך. עתה, משלא חלו עליו יותר מגבלותיה של האקדמיה, התחיל שילה בניסיונות אמנותיים, בהם חקר את צורת הגוף האנושי וגם את המיניות האישית. רבים מבני זמנו נחרדו מהבוטות והישירות של יצירתו.
בשנת 1911 פגש שילה את ואלרי (ואלי) נויציל, שהייתה אז בת שבע עשרה. היא התגוררה איתו בווינה, ושימשה כמודל עירום לכמה מציוריו הטובים ביותר. לא ידועים פרטים רבים על אודותיה, אך ידוע ששימשה כמודל גם בעבור קלימט עצמו, ואולי הייתה אף אחת מפילגשיו. שילה ונויציל ביקשו לברוח מהאווירה הווינאית, שנראתה בעיניהם כקלאוסטרופובית, ועברו לעיר צ'סקי קרומלוב (קרומאו בגרמנית) בדרום בוהמיה, מקום הולדת אימו של שילה, שבה קיים כיום מוזיאון המוקדש ליצירתו. תושבי העיר הביאו לסילוקם של בני הזוג בשל אורח חייהם המתירני, ובשל החשד ששילה העסיק את הנערות המקומיות כדוגמניות עירום לציוריו.
בני הזוג עברו עתה לעיירה נוילנגבך, ממערב לווינה, בחפשם סביבה מגרה ושטח זול לסטודיו. אלא שגם עתה הפך הסטודיו של שילה למקום התכנסות לנוער השוליים המקומי. אורח חייו של שילה שוב עורר את חמת התושבים, ובחודש אפריל 1912 אף נעצר בחשד שפיתה נערה קטינה מתחת לגיל ההסכמה.
השוטרים שהגיעו לדירתו של שילה החרימו כמאה ציורים שנחשבו בעיניהם לפורנוגרפיה. שילה נעצר והמתין למשפטו. כשהובא לפני שופט, הושמטו האישומים על פיתוי קטינות, אבל שילה נמצא אשם בהצגת ציורים אירוטיים במקום הנגיש לילדים. השופט אף שרף את אחד הציורים בלהבת נר באולם המשפט. בשל מעצרו המצטבר, בילה שילה רק עוד שלושה ימים במאסר, שבמהלכם הספיק לצייר סדרה של שנים עשר ציורים.
בשנת 1915 פגש שילה את האחיות אדית ואדל הרמס, שהתגוררו עם הוריהן בסמוך לסטודיו שלו. כבר בחודש אפריל התארסו שילה ואדית וכעבור חודשיים נישאו, ואילו בת זוגו הקודמת ואלי סולקה מחייו בקור רוח.
על אף פרוץ מלחמת העולם הראשונה וגיוסו לצבא הקיסרי, שילה המשיך ביצירתו האמנותית. הספקו היה רב, וסגנונו היה בוגר ומהוקצע. הוא הוזמן להשתתף בתערוכה ה-49 של הזצסיון הווינאי בשנת 1918, שבה התקבלו חמישים מציוריו והוצגו באולם המרכזי. הוא אף צייר את הפוסטר לתערוכה, המזכיר את נושא הסעודה האחרונה, כשהוא עצמו בתפקידו של ישו במרכז. התערוכה הייתה הצלחה מהדהדת, וכתוצאה ממנה הרקיעו שחקים המחירים של ציוריו והוזמנו ממנו ציורים חדשים רבים. באותה שנה גם הציג בציריך, פראג ודרזדן.
במהלך שנות העשרה של המאה העשרים השתתף שילה גם בתערוכות קבוצתיות רבות בכל רחבי אירופה, כך למשל בבודפשט, בקלן, בכמה תערוכות של הזצסיון במינכן ובפריז.
מגפת השפעת הספרדית שגבתה חיי מיליונים באירופה כולה, הגיעה בסתיו 1918 לווינה. אדית אשתו מתה מן המגפה בחודש השישי להריונה ב-28 באוקטובר. כעבור שלושה ימים מת ממנה גם שילה עצמו, בגיל 28. בשלושת הימים שבין מותה למותו הספיק לצייר כמה סקיצות של אדית. ציורו הנודע "המשפחה", שבו מוצגת אדית וגם תינוקם העתיד להיוולד, נותר בלתי גמור בגלל מותם של בני הזוג.
לקריאה נוספת
אגון שילה - 1890–1918 נפשו הלילית של האמן, מאת רינהרט שטיינר, הוצאת ספרי טאשן