As raíces de Thomas Cook Airlines Scandinavia atópanse en dúas aeroliñas: Conair of Scandinavia do grupo dinamarqués Spies Group, e Scanair do grupo sueco SLG - Scandinavian Leisure Group. Cando as dúas compañía se fusionaron o 1 de xaneiro de 1994 formaron Premiair. Ese mesmo ano SLG foi mercada por Airtours, e a frota da aeroliña repintouse para que coincidíuse coa de Airtours International, aínda que mantivo o nome de Premiair. En 1996 SLG Group mercou Spies Group.
En novembro de 2001 Airtours converteuse en MyTravel Group, e en 2002 Airtours International e Premiair pasaron a chamarse MyTravel Airways e MyTravel Airways A/S, respectivamente. O 12 de febreiro de 2007 anunciouse que MyTravel Group fusionaríase co Thomas Cook Group, integrándose MyTravel Airways en Thomas Cook Airlines na estación de inverno de 2007-2008. MyTravel Airways A/S pasou a chamarse Thomas Cook Airlines Scandinavia o 8 de maio de 2008. A día de hoxe a compañía ten varias aeroliñas irmás: Thomas Cook Airlines, Thomas Cook Airlines Belgium e Condor Flugdienst.
Frota
En maio de 2018 a frota de Thomas Cook Airlines Scandinavia estaba formada polos seguintes avións:[1]