Bakker wie de soan fan Tjalling Bakker en Antje Gaarkeuken. Op 29 desimber1898 boaske hy mei Anna Henderika Hillegonda Germs. Hy krige trije soannen mei har. Fan 1908 oant 1918 siet er yn it bestjoer fan it Nederlânske protestantebûn (NPB). Yn 1915 rjochte hy it Religieusk-Sosjalistysk Ferbûn mei op. Ek yn 1915 wie er lid fan de redaksje fan it moanneblêd Het Nieuwe Leven en yn de Earste Wrâldoarloch fjildpredikant.
Bakker wie predikant yn efterinoar Pepergea, Winaam, Boalsert en fan 1908 oant syn dea yn Swol. Hy hold preken en lêzingen yn it Frysk (noch foar't G. A. Wumkes dat die).
Yn 1918 ferstoar hy mei 42 jier en waard beïerdige op it Algemiene Begraafplak Meppelerstrjitwei yn Swol. Op syn grêfstien stiet in krús op in read findel as symboal foar syn politike en libbensoertsjûging. Hy waard als predikant fan Swol opfolge troch Gerardus Horreüs de Haas.