Yn 1989 kamen Chad Smith en John Frusciante by de band. Yn dy formaasje brocht de band yn 1989 Mother's Milk út en twa jier letter Blood Sugar Sex Magik. Mei Blood Sugar Sex Magik waard de band ferneamd oer de wrâld, benammen troch de single Under the Bridge, dy't yn 1992 ûnder oare yn Nederlân op 1 yn de hitlist stie.
Dat jier naam Frusciante wer ôfskied. Hy hie neat mei de populariteit fan de band en boppedat rekke er ferslave oan heroïne. Nei in pear ferskate gitaristen kaam Dave Navarro by de band. Mei him brochten se it sechsde studio-album, One Hot Minute, út. De chemy mei Navarro wie lykwols minder as earder mei Slovak en Frusciante.
Frusciante werom
Flea hie kontakt holden mei Frusciante, dy't healwei jierren njoggentich yntusken swier ferslave wie. Navarro stapte yn 1997 út de band en se fregen Frusciante om werom te kommen. Dy wie in jier letter fan de drugs ôf, mei help fan Kiedis, Flea en Johnny Depp.
Yn de suksesformaasje fan 1989-1992 naam de band it album Californication op, dat se útbrochten yn 1999. Dat waard op 'e nij in kommersjeel sukses, mei hits as Scar Tissue, Californication en Otherside. Trije jier letter hold dat kommersjele sukses oan mei By the Way. Yn 2006 brocht de band it dûbeldalbum Stadium Arcadium út. Dêrfoar wûnen se yn 2007 in Grammy Award foar bêste album en ek it nûmer Dani California waard bekroane.
Klinghoffer ferfangt Frusciante
Nei in skofte rêst waard yn 2009 bekend dat Frusciante de band op 'e nij ferliet. Diskear net om in drugsferslaving, mar it spyljen yn in ferneamde rockband befoel him net mear. Josh Klinghoffer waard de opfolger fan Frusciante. Sy wiene en binne goede freonen en ha earder ek mei syn twaen albums útbrocht. Klinghoffer wie boppedat al langer belutsen by de band, bygelyks as twadde gitarist by optredens.
Mei Klinghoffer as gitarist brochten de Peppers yn 2011 har tsiende studio-album út, mei de namme I'm With You. Yn 2012 publisearre de band nûmers dy't se tagelyk mei I'm With You opnaam hiene, mar it album net hellen. Yn novimber 2013 waarden dy nûmers mei-inoar op ien LP útbrocht (I'm Beside You).
Yn febrewaris 2014 spile de band tegearre mei Bruno Mars yn de halftime-show fan de Super Bowl. Letter dat jier begûnen se oan de opnamen fan in nij studio-album, dat letter de namme The Getaway krije soe. The Getaway waard yn 2016 útbrocht.
