Estemirova krige yn 2005 de Robert Schuman-medalje nei oanrekommandaasje fan de fraksje fan de Jeropeeske Folkspartij. Foar har ynset foar de minskerjochten krige hja yn 2007 de Politkovskaja-priis.
Natalja Estemirova waard op 15 july 2009 foar har wente yn de Tsjetsjeenske haadstêd Grozny ûntfierd en deselde deis noch ombrocht mei twa kûgels troch de holle. Dat barde yn in bosk yn de omkriten fan it doarp Gasi-Jurt yn it rayon Nazran fan de buorrepublyk Ingoesjeesje