It eardere feangebiet op it hjoeddeistige doarpsgebiet waard reedlik let oant yn de ein santjinde en begjin achttjinde iuw kolonisearre. De feankoloanje Flachsmeer waard yn 1770 stifte. Yn it begjûn woeks it doapr stadichoan. Lykas oare feankoloanjes dy't yn dy snuorje oanlein waarden, rekken de kolonisten yn Flachsmeer yn grutte earmoede. Yn de njoggentjinde iuw naam it tal fêstigings rap ta. Tusken 1821 en 1905 ferfjouwerfâldige it ynwennertal. Yn de tweintichste iuw ûntstiene der lykwols problemen mei de ûntwettering en ynfrastrukturele ûntsluting.
Op 1 jannewaris 1973 waard Flachsmeer, dat doe in selsstannige gemeente wie, part fan de gemeente Westoverledingen.
De lutherske gemeente hearde oarspronklik ta dy fan Steenfelde. Yn 1962/63 waard fuortendaliks njonken it begraafplak, dy't om de iuwwikseling oanlein waard, in begraafplakskapel boud, dêr't nei it iepenjen regelmjittich tsjerketsjinsten holden wurde. Yn 1966 waard de lutherske gemeente fan Flachsmeer selsstannich.
In lytse baptistekapel stie op Birkenstraße 44. Hy waard yn 1908 oprjochte en wie in ûnderdiel fan de baptistegemeente Westoverledingen-Ihren. Yn 2018 waard er lykwols ferkocht en koart dêrnei sloopt. Hjoed-de-dei stiet der op dat plak in wente.
De doarpsnamme
De hjoeddeistige skriuwwize fan de doarpsnamme is út 1818 oerlevere. De namme ferwiist nei de eardere feanmarren dêr't letter in soad flaaks ferboud waard.