En 1603, il est nommé capitaine général des galères du royaume de Naples. En 1604, il participe à des actions navales dans la mer Ionienne devant Zante, Patmos et Longo ; en 1605-1606, au siège et à la prise d'Estarcho et de Durrës en Albanie, alors tenues par la république de Venise[1]. En mai 1612, commandant la flotte de galères du royaume de Naples, avec Ottavio d’Aragona commandant celles du royaume de Sicile, ils coulent plusieurs galères d’Alger.
Au printemps 1635, Álvaro de Bazán arme une flotte pour attaquer les îles de Lérins, près des côtes de Provence ; il échoue à cause d'une tempête mais, ayant reçu des renforts du marquis de Villafranca, il fait une seconde tentative victorieuse en septembre, vient à bout de la faible garnison française et transforme les îles en base contre le commerce et les ports français et savoyards[3]. Álvaro de Bazán fait construire de solides fortifications aux îles Saint-Honorat et Sainte-Marguerite ; il part le 15 décembre 1635 en disant « Il faudra dix ans aux Français pour reprendre Lérins[4] ». En fait, les Français reprendront les îles de Lérins en mai 1637.
À la fin de 1635, Álvaro de Bazán et Villafranca repassent en Italie et empêchent les Français du maréchal de Créquy de s'emparer de Valenza[3].
Álvaro de Bazán, marquis de Santa Cruz, était membre des conseils de guerre espagnols et du conseil d’État, marquis d’El Viso, seigneur de Valdepeñas et grand d’Espagne[5].
Il s’était marié en 1590, à Almagro, en Espagne, avec Guiomar Manrique de Lara, de qui il eut deux fils et cinq filles.