Cet attaquant, souvent utilisé comme milieu offensif,
Partizan Belgrade (1991-1993)
Il commence véritablement sa carrière au Partizan Belgrade entre les saisons 1989-90 et 1992-93. Il joue peu et sera prêté au club du Proleter Zrenjanin (un club de football Serbe) entre 1990 et 1993.
Victoria Guimaraes (1993-1996)
Il sera repéré par le club portugais de Vitoria Guimarães où il reste trois saisons en tant que titulaire indiscutable.
FC Porto (1996-1999)
Ses qualités et ses performances attirent le grand FC Porto qui l'engage également 3 saisons de 1996 à 1999. C'est alors un titulaire indiscutable.
Olympiakos (1999-2000)
Mais il ne peut résister à l'offre de l'Olympiakos, club du Pirée, en Grèce. Ce club, le plus grand de Grèce avec le Panathinaïkos et l'AEK Athènes le fait jouer mais malgré quelques blessures, il joue 20 matches pour un total de 9 buts.
CF Valence (2000-2001)
Pour Zahovič, rien de mieux pour changer d'air que de bonnes performances. Le Valence CF, en Espagne, le recrute. Son apport à l'équipe demeure médiocre, malgré une finale de Ligue des Champions.
SL Benfica (2001-2005)
Il quitte alors Valence dès sa première saison, et signe au Benfica Lisbonne où il a joué de juillet 2001 à 2005. Il y fera sa grande carrière dans une équipe composée de grands joueurs tels que Nuno Gomes, Luisao, Tiago, Petit… Il sera sacré champion du Portugal. Il prend ensuite sa retraite en club et en équipe nationale.
Slovénie
Il est le meilleur buteur de l'histoire de son pays avec 35 buts en 63 sélections avec son pays natal. Zlatko Zahovič est considéré le meilleur footballeur slovène de tous les temps.
Avec son pays, il dispute l'Euro 2000 dans lequel il marque par trois fois au premier tour : un doublé face à la Yougoslavie puis un but face à l'Espagne. Il participe ensuite à la Coupe du monde 2002 où les slovènes sortiront dès le premier tour.