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La FZ 600 apparaît en 1986. Elle reprend le moteur déjà utilisé sur la 600 XJ. Il développe 54 chevaux à 9 400 tr/min.
La fourche télescopique est de marque Kayaba. Le cadre est un cadre périmétrique Deltabox. Le freinage est assuré par deux disques de 269 mm de diamètre à l'avant et un unique disque de 240 mm de diamètre à l'arrière.
Les ventes de la 600 FZ restent confidentielles. Elle souffre de la concurrence au sein de la gamme de la 600 FZR, à tendance plus sportive.
En 2004, Yamaha reprend le terme FZ en présentant la version sans carénage de la 600 Fazer : c'est la FZ6.