Pendant la guerre civile, Yancey est nommé par le président confédéré Jefferson Davis à la tête d'une délégation diplomatique dans la tentative d'obtenir la reconnaissance officielle de l'indépendance du Sud par les États européens. Yancey échoue dans cette mission et revient en Amérique en 1862. Il est élu au Sénat des États confédérés, où il critique fréquemment l'Administration Davis. Souffrant de problèmes de santé pendant la majeure partie de sa vie, Yancey meurt pendant la guerre à l'âge de 48 ans.