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Werner Leimgruber joue toute sa carrière au FC Zurich de 1954 à 1970, à l'exception d'un passage au FC Locarno lors de la saison 1956-1957. D'abord avant-centre — il est meilleur buteur de ligue nationale B en 1957-1958 — il devient ensuite milieu de terrain puis défenseur[1].
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Leimgruber compte dix sélections en équipe de Suisse[3] où il évolue comme défenseur.
Il joue son premier match le face aux Pays-Bas[4]. Il participe à la Coupe du monde de 1966 en Angleterre. Lors du mondial, il joue un match contre l'Espagne[5]. Ce sera son dernier match en équipe nationale.