Il retourne avant 1880 en Pennsylvanie où il obtient son diplôme du Hahnemann Medical College. Socialiste utopique, il fait partie pendant quelque temps d'une colonie agricole de la Ruskin Commonwealth Association au Tennessee avant qu'elle ne fasse faillite et exerce la profession de médecin pendant dix ans, puis il se consacre à plein temps à l'horticulture. Il se dévoue surtout à la culture et à l'hybridation des roses, principalement à partir de Rosa rugosa et de Rosa wichuraiana, obtenant des rosiers grimpants remarquables, dont 'Sarah Van Fleet' (croisement entre un hybride de thé et Rosa rugosa), introduit après sa mort en 1926[2].
Le Dr Van Fleet est l'obtenteur de vingt-neuf cultivars de rosier entre 1889 et sa mort. En 1905 par exemple, il obtient un hybride de Rosa wichuraiana qui est commercialisé en 1917 par J. T. Lovett sous le nom d' 'Alida Lovett'. En 1921, il présente 'Mary Wallace' (du nom de la fille du ministre de l'agriculture de l'époque[3]). Sept ans plus tard, elle a été choisie comme la rose préférée de l'année de l'American Rose Society et elle gagne plusieurs prix et médailles.
Van Fleet est journaliste spécialiste de l'horticulture pour le Rural New Yorker. De 1909 à sa mort, il travaille pour le ministère de l'agriculture des États-Unis, faisant des hybridations pour la station d'introduction de plantes de Glenn Dale dans le Maryland, dans le domaine des petits fruits, des légumes et des plantes ornementales[4]. Il meurt à Miami, après une opération chirurgicale, à l'âge de soixante-quatre ans. Il est enterré au cimetière de Watsontown.