Construit de 1886 à 1891, il fut inauguré le par le président du Chili José Manuel Balmaceda[1]. Avec 102 m de hauteur, il était considéré lors de sa mise en service comme le plus haut pont ferroviaire du monde[2].
Sa construction fut confiée à la firme parisienne Schneider et Cie. On attribue souvent à tort sa construction à Gustave Eiffel qui présenta également un projet mais qui fut rejeté par les autorités chiliennes[3].
Le viaduc du Malleco a été déclaré Monumento Nacional de Chile en 1990 lors de son centenaire[2]. En 1998, le Chili propose à l'UNESCO son inscription sur la liste du patrimoine mondial[1].