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De 1971 à 1975, Herbert étudie l'histoire, le folklore et l'allemand à l'université de Fribourg. Il travaille ensuite comme professeur de lycée. De 1980 à 1985, il travaille sur le projet de recherche "Lebensgeschichte und Sozialkultur im Ruhr 1930-1960" dirigé par Lutz Niethammer. En 1985, il obtient son doctorat avec une thèse sur les travailleurs étrangers (Fremdarbeiter(de)) dans le Troisième Reich. Ce livre est rapidement devenu la base d'un débat public sur l'histoire des travailleurs forcés à l'époque nazie et leur manque de compensation. De 1987 à 1988, il est chargé de recherche à l'Institut d'histoire allemande de l'université de Tel-Aviv.
De 1992 à 1995, Herbert est directeur du Centre de recherche pour l'histoire du national-socialisme à Hambourg, où il initie et promeut les travaux de Karin Orth et Michael Wildt.
Il rejoint ensuite la chaire d'histoire moderne et contemporaine de l'Université de Fribourg, où il reste jusqu'en 2019. Herbert publie de nombreuses publications, notamment sur l'histoire du national-socialisme, l'histoire des migrations au XXe siècle et l'histoire de la République fédérale. En 1998, il publie le volume Nationalsozialistische Vernichtungspolitik, 1939 bis 1945, qui présente les travaux de recherche de jeunes chercheurs allemands sur l'Holocauste et est traduit dans de nombreuses langues. En 2003 paraît le volume Histoire de la politique étrangère en Allemagne (dans une première version dès 1986), dans lequel l'évolution de l'utilisation des travailleurs saisonniers dans les années 1900 vers les travailleurs forcés de l'ère nazie, les « travailleurs invités » (Gastarbeiter) des années 1960 et les demandeurs d'asile des années 1980 et 1990.
De 2000 à 2008, Herbert et Rüdiger vom Bruch dirigent un groupe de recherche mandaté par la Fondation allemande pour la recherche (Deutschen Forschungsgemeinschaft, DFG) pour enquêter sur son histoire de 1920 à 1970. Le projet comprenait 19 projets individuels et, en 2010, onze volumes sur l'histoire de la DFG avaient été publiés. En outre, Herbert dirige les projets de recherche "Weltanschauung et dictature" et "Processus de libéralisation et d'intégration en Allemagne de l'Ouest, 1950-1980". Herbert invente le terme haut-modernisme (Hochmoderne).
Das Dritte Reich. Geschichte einer Diktatur, C. H. Beck, München, 2016, 3. Auflage 2018 (ISBN978-3406722400) (présentation générale concise basée sur l'état actuel de la recherche)[2]
Geschichte der Ausländerpolitik in Deutschland. Saisonarbeiter, Zwangsarbeiter, Gastarbeiter, Flüchtlinge, C.H. Beck, München, 2001 (ISBN978-3-406-47477-4).
Best. Biographische Studien über Radikalismus, Weltanschauung und Vernunft. 1903–1989, Bonn, 1996 (ISBN3-8012-5030-X).
Arbeit, Volkstum, Weltanschauung. Über Deutsche und Fremde im 20. Jahrhundert, Fischer Taschenbuch, Frankfurt am Main, 1995 (ISBN3-596-12648-7).
Geschichte der Ausländerbeschäftigung in Deutschland 1880 bis 1980. Saisonarbeiter, Zwangsarbeiter, Gastarbeiter, J. H. W. Dietz Nachfolger, Bonn, 1986 (ISBN978-3-8012-3019-7).
Fremdarbeiter. Politik und Praxis des „Ausländer-Einsatzes“ in der Kriegswirtschaft des Dritten Reiches, Berlin/Bonn, 1985 (ISBN3-8012-0108-2). Mehrere Auflagen, 3. Auflage, 1999 (ISBN3-8012-5028-8).
Édition anglaise : Hitler’s foreign workers – Enforced foreign labor in Germany under the Third Reich, Cambridge University Press, New York, 1997.
Forschergruppe zur Geschichte der Deutschen Forschungsgemeinschaft 1920–1970 (Memento vom 14. Februar 2006 im Internet Archive)
„Nach den Katastrophen. Entwicklungsstand und Perspektiven der deutschen Zeitgeschichtsforschung“ (Memento vom 10. Oktober 2007 im Internet Archive), Vortrag am 18. März 2004
Edition Judenverfolgung (VEJ): Die Verfolgung und Ermordung der europäischen Juden durch das nationalsozialistische Deutschland 1933–1945
Jan Pfaff, Die erste Teilung passierte 1945, in: Die Tageszeitung, 2 mai 2020 ; consulté le 4 mai 2020 (entretien avec l'historienne est-allemande Silke Satjukow et l'historien ouest-allemand Ulrich Herbert).