Les pages sont liées de manière hiérarchique selon la méthode cladistique, de manière arborescente donnant au site une forme d'« arbre de vie ».
En 2009, le projet, lié à l'Université de l'Arizona, connaît des difficultés financières. En conséquence, l'actualisation du site est beaucoup plus lente que par le passé.
(en) D. R. Maddison, K.-S. Schulz et W. P. Maddison, « The Tree of Life Web Project », Linnaeus Tercentenary: Progress in Invertebrate Taxonomy. Zootaxa, vol. 1668, , p. 19-40 (lire en ligne)