Membre du club SSK Alpina Žiri, il fait ses débuts internationaux en 2004. En 2010, il remporte son premier concours dans la Coupe FIS, à Kranj, sur le troisième niveau mondial.
Il se qualifie pour la première fois dans la Coupe du monde en sur le tremplin de
vol à ski d'Harrachov, y marquant ses premiers points. En août 2011, il monte sur son premier podium en Coupe continentale à Courchevel, puis sa première et seule victoire un an plus tard à Kuopio. En septembre 2012, Naglič enregistre son meilleur résultat dans le Grand Prix d'été, face à quelques des meilleurs sauteurs, avec une quatrième place sir le tremplin d'Almaty.
Il obtient ses meilleurs résultats dans l'élite au début de l'année 2014, décrochant même une huitième place à Zakopane. En 2014, il obtient sa seule sélection pour des championnats, prenant part aux Mondiaux de vol à ski à Harrchov.
En 2018, après trois ans passés dans la Coupe continentale, il marque de nouveau des points dans la Coupe du monde lors de l'étape basée à Planica, où il devient 17e.
