1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 15 juillet 2020
Kraft fait ses débuts véritablement avec le Bayern en 2006 avec la deuxième équipe. De 2008 à 2010, il est le troisième gardien du club bavarois, Mais au fil de la saison 2009-2010, il devient devant Michael Rensing le deuxième gardien du club derrière Hans-Jörg Butt.
Le , il fait ses débuts en Ligue des champions contre l'AS Rome, le Bayern s'incline 3-2 mais il fait un bon match[1]. Le , il joue son deuxième match en Ligue des champions contre le FC Bâle où le Bayern gagne 3-0 et où il livre encore une fois une très bonne prestation.
Le , Louis van Gaal annonce que pour le reste de la saison, Thomas sera le numéro 1 du Bayern Munich. Néanmoins, les mauvais résultats et un nombre assez important de bourdes du jeune portier bavarois, entraîne l'éviction de van Gaal en . Lorsque Andries Jonker le remplace à la tête de l'équipe, il choisit Hans-Jörg Butt pour garder les cages de l'équipe reléguant Kraft sur le banc des remplaçants[2].
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