Durant l'intégralité de sa carrière il joue au sein de la franchise d'Édimbourg Rugby de 2009 à 2023, à l'exception d'un prêt de courte durée en 2014 dans le club anglais de Bristol Rugby.
De plus il évolue avec l'équipe d'Écosse de 2015 à 2023 avec qui il obtient un total de 49 sélections et prend part à la Coupe du monde 2019.
En , Stuart McInally, alors sous contrat jusqu'en novembre de la même année avec son équipe d'Édimbourg Rugby, il annonce qu'il va prendre sa retraite officiellement au terme de celui-ci, néanmoins il dispute son dernier match en avril, il envisage par la suite une reconversion en tant que pilote de ligne[2]. Durant le mois de , il est convoqué dans la pré-liste écossaise pour préparer la Coupe du monde 2023[4]. Finalement, en , il n'est pas retenu dans la liste définitive des joueurs participants à la Coupe du monde, de ce fait il prend sa retraite[5]. Toutefois, après le forfait de David Cherry peu de temps après la première journée, il est rappelé en remplacement de ce dernier pour participer à sa deuxième Coupe du monde[6]. Quelques jours après son arrivée dans le groupe écossais, il se blesse lors d'un entraînement, le rendant forfait pour le reste de la Coupe du monde et annonce la fin de sa carrière[7].
Statistiques en équipe nationale
49 sélections (27 fois titulaire, 22 fois remplaçant).